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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005364

染色体: Chr02 坐标: 74348519-74350578 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005364
名称SmilChr02G005364
描述uncharacterized SmilChr02G005364
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74348519 - 74350578 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009316
GeneID131009316
locus_tag-
NCBI NameLOC131009316
原始查询SmilChr02G005364

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Transmembrane protein 97, Putative [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817799]; symbol=AT2G32380; hit=AT2G32380; species=arabidopsis; confidence=high
产物Transmembrane protein 97, Putative [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817799]; symbol=AT2G32380; hit=AT2G32380; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G32380 (AT2G32380)
Transmembrane protein 97, Putative [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817799]
identity=53.6; qcov=1.02; evalue=2.13e-62; confidence=high
RiceOs07g0458700
-
identity=53.3; qcov=1.01; evalue=1.11e-52; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum)
KEGG-
PfamPF05241 (EBP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009316

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057792598.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057792598.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792598.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792598.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792598.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74348801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B94,C53,C61
Chr2:74348802 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr2:74348819 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,B54
Chr2:74348862 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,C1,C2,C54,D8
Chr2:74348917 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,B94,C53,C61
Chr2:74350320 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B139
Chr2:74350362 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr2:74350426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C2,C32,C68,C72
Chr2:74350433 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B107,B115,B50
Chr2:74350462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B16
Chr2:74350483 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,C15
Chr2:74350520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B27,B46,B70,C62

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792598.1
165 aa
N
1
82
165
EBP
C
PF05241 EBP 42-138 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792598.1 Pfam PF05241 EBP Family 42 138 8.6e-14 52.6 EXPERA (EXPanded EBP superfamily)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936615.1
ATGGGCGCCATCTGCAATCTGGTCGACGTCGTTCTCTTCGTCTTCTTCCTCATCATCGCCGCCGCAGTGCCGCTCCTCGACGCGCAGACCTGCCTCCCGCAGCACCTCTTTCCGCCGTCCCTGTTGGAGCTCAAGAGCTGGTACACGCAAAACTACGGCGATTATTTGGTCGCCGAAAAGCCGCATTTCTTCGTCGGGCTTATCTGGCTGGAGCTCGTTTTCCAGTGGCCGCTCGCTCTCGCGTCTCTCTACGGCATTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009316
ATGGGCGCCATCTGCAATCTGGTCGACGTCGTTCTCTTCGTCTTCTTCCTCATCATCGCCGCCGCAGTGCCGCTCCTCGACGCGCAGACCTGCCTCCCGCAGCACCTCTTTCCGCCGTCCCTGTTGGAGCTCAAGAGCTGGTACACGCAAAACTACGGCGATTATTTGGTCGCCGAAAAGCCGCATTTCTTCGTCGGGCTTATCTGGCTGGAGCTCGTTTTCCAGTGGCCGCTCGCTCTCGCGTCTCTCTACGGCATTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792598.1
MGAICNLVDVVLFVFFLIIAAAVPLLDAQTCLPQHLFPPSLLELKSWYTQNYGDYLVAEKPHFFVGLIWLELVFQWPLALASLYGIVAGKPWLSTTCLIYGASTLTSMVAILAEMKLSERASDKLLNMYLPFLGFAALAVLRGLFGHSEKSVTIGRRPLMRKKRA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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