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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005368

染色体: Chr02 坐标: 74368868-74371897 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005368
名称SmilChr02G005368
描述uncharacterized SmilChr02G005368
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74368868 - 74371897 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009348
GeneID131009348
locus_tag-
NCBI NameLOC131009348
原始查询SmilChr02G005368

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817813]; symbol=AT2G32520; hit=AT2G32520; species=arabidopsis; confidence=high
产物alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817813]; symbol=AT2G32520; hit=AT2G32520; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G32520 (AT2G32520)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817813]
identity=74.4; qcov=0.929; evalue=4.96e-142; confidence=high
RiceOs01g0531500
-
identity=75.4; qcov=0.865; evalue=5.62e-137; confidence=high
GOGO:0016787 (hydrolase activity)
KEGG-
PfamPF01738 (DLH)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009348

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792627.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057792627.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057792627.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057792627.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792627.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74369033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C38,C79
Chr2:74369054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B3
Chr2:74369057 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr2:74369099 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C45
Chr2:74369108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr2:74369126 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C38,C79
Chr2:74369173 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C45
Chr2:74370008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr2:74370025 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B49,B60,C38,C79
Chr2:74370087 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B24,B37,C15
Chr2:74370101 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,C38,C79
Chr2:74370662 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792627.1
282 aa
N
1
141
282
DLH
C
PF01738 DLH 60-279 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792627.1 Pfam PF01738 DLH Domain 60 279 4.1e-57 194.0 Dienelactone hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936644.1
TTAAAATTTCTTTATTTAATTATGTAATTTATCCAAAAAAAAGTGGCAATTATCAATTTAATGAGATAAAAATAATTGAAAACTTACACTGAACTTTTCAAGTGTAAACCGATTGCAGAAATTGAATTGGAGAAATCATGAGAGTGATATCTCAAGGTTCTAGATTCCTCTTTAACAAAATCAAGTCCACTCCTTCTTCCACCTTCTCCCTCGCGATTCTCTCCGGTTCTCTTTCTCAGGTTCGTGCAATGGCCTCCGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009348
ATGAGAGTGATATCTCAAGGTTCTAGATTCCTCTTTAACAAAATCAAGTCCACTCCTTCTTCCACCTTCTCCCTCGCGATTCTCTCCGGTTCTCTTTCTCAGGTTCGTGCAATGGCCTCCGACGCAGCTGCCTCATCACCATTCAAGAAAGTCCAGATTCAGAGGGACAACGGGACATTTGATGCCTACGTGATTGGGAAAGACAATGCTCCTGGGATTGTTGTGCTTCAAGAATGGTGGGGTGTTGATTTTGAGGTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792627.1
MRVISQGSRFLFNKIKSTPSSTFSLAILSGSLSQVRAMASDAAASSPFKKVQIQRDNGTFDAYVIGKDNAPGIVVLQEWWGVDFEVKNHAQKISQLGSGYKALIPDLYRGKVGLEVAEAQHLMDGLDWQGAVKDIEASVNWLKANGSKKVGVTGYCMGGALAIASSVLVPGVDAVVAFYGVPSPELADPAKAKAPVQAHFGELDGFVGFSDPKTGKDLEEKLKASGVPHEVYFYPGIGHAFMNCSPEGAQRRKKMGMHDE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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