Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005371`

染色体: Chr02 坐标: 74378535-74381652 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005371`
名称	SmilChr02G005371
描述	salviol synthase-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74378535 - 74381652 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009360`
GeneID	`131009360`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009360`
原始查询	`SmilChr02G005371`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	salviol synthase-like
产物	salviol synthase-like
Arabidopsis	`AT5G25120` (CYP71B11) cytochrome p450, family 71, subfamily B, polypeptide 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832583] identity=39.1; qcov=1.02; evalue=1.68e-122; confidence=medium
Rice	`Os01g0377000` - identity=45.5; qcov=0.98; evalue=5.62e-145; confidence=high
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057792637.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057792637.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792637.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792637.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792637.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74378568`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A4,C3
`Chr2:74378661`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B53
`Chr2:74378704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B119,B53,B79,C46,C58
`Chr2:74378705`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr2:74378729`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B65,B66,C48,D2
`Chr2:74378736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A25,C13,C16
`Chr2:74378736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A25,C13,C16
`Chr2:74378766`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B105,B65,B66,C48,D2
`Chr2:74378799`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	16	A14,B105,B110,B132,B22,B34,B65,B66,C4,C48,C63,C75,C76,C82,C85,D2
`Chr2:74378831`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C31
`Chr2:74378831`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C31
`Chr2:74378852`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	43	A16,A22,A7,A9,B1,B10,B100,B103,B105,B107,B111,B118,B128,B13,B16,B20,B23,B26,B28,B44,B53,B54,B71,B80,B86,B93,B98,C10,C21,C30,C47,C5,C50,C58,C62,C67,C7,C74,C76,C8,C85,D11,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792637.1

489 aa

244

489

p450

PF00067 p450 32-473 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792637.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	32	473	2.5e-99	333.9	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936654.1
TCCACATAAATAAATTTTATCATGGAGATTCTGGTGTTATGCATCTCAATAGTATTCTTGTTGTCCACCTTCATATTCTTGAAAAATGGAAGCCAAAAATCAAATGGAAAATTCCCTCCGGGCCCACGGAAGCTGCCCTTGATTGGGAACATACACAATCTGATGGGCGCGGTTCCTCACCGCGCCCTTCACCAGCTCGCCCAGAAGCTGGGGCCCATGATGGGCCTTCAGCTGGGCGAGCTCTCTGTTGTTGTCATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009360
ATGGAGATTCTGGTGTTATGCATCTCAATAGTATTCTTGTTGTCCACCTTCATATTCTTGAAAAATGGAAGCCAAAAATCAAATGGAAAATTCCCTCCGGGCCCACGGAAGCTGCCCTTGATTGGGAACATACACAATCTGATGGGCGCGGTTCCTCACCGCGCCCTTCACCAGCTCGCCCAGAAGCTGGGGCCCATGATGGGCCTTCAGCTGGGCGAGCTCTCTGTTGTTGTCATCTCCTCCGCCGATGCTGCAAAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792637.1
MEILVLCISIVFLLSTFIFLKNGSQKSNGKFPPGPRKLPLIGNIHNLMGAVPHRALHQLAQKLGPMMGLQLGELSVVVISSADAAKQIMSTHDVNFASRPPITTVEIIGYGCTTITFSPYGEYWRRLRKICTLELLSAKRVESFRSLREEVFVDLSRRFASMEGSEINFSDEFNSATYAVISRAVIGDEKKQHLALLHHVKEMVDLSAGFDISEFFPSIKLFKLVSRLRRRLIVLHKEIDGILENVINQHRIANSVNHED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器