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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005373

染色体: Chr02 坐标: 74416780-74419529 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005373
名称SmilChr02G005373
描述salviol synthase-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74416780 - 74419529 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009354
GeneID131009354
locus_tag-
NCBI NameLOC131009354
原始查询SmilChr02G005373

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salviol synthase-like
产物salviol synthase-like
ArabidopsisAT5G07990 (TT7)
Cytochrome P450 superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830693]
identity=38.5; qcov=1.01; evalue=1.31e-125; confidence=medium
RiceOs09g0275400
-
identity=42.8; qcov=0.967; evalue=6.47e-142; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009354

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057792634.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057792634.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792634.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792634.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792634.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74416893 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B105,B48,B61
Chr2:74416895 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B59,B6,C63
Chr2:74416900 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B73,C39
Chr2:74416926 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 2 B110,C53
Chr2:74416926 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 2 B110,C53
Chr2:74416939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B65,C15
Chr2:74416946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B121,B48,B61,B71
Chr2:74416996 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,B48
Chr2:74417000 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B82,C81
Chr2:74417023 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 27 A1,A10,A20,A21,A5,B101,B102,B108,B110,B122,B123,B125,B129,B56,B72,B89,B96,C1,C10,C27,C31,C45,C53,C70,C78,C80,C9
Chr2:74417042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr2:74417154 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C17,C72

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792634.1
490 aa
N
1
245
490
p450
C
PF00067 p450 32-471 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792634.1 Pfam PF00067 p450 Domain 32 471 2.3e-98 330.7 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936651.1
ATATACAATCGAGCTGCTATAATTAAATACACTGCAGCTGAGCTGAGATTATACCCACATACCTAAATTTTATCATGGAGATTCTGGTGTTATGCATCTCAATAGTATTCTTGCTGTCCACTTTCATATTCTTTAAAAATGGAAGCCAAAAATCAAATGGAAAATTCCCTCCGGGGCCGCGAAAGCTGCCCTTGATCGGAAACATACACAATATGACGGGCGCGGTTCCTCACCGCGCCCTTCACACGCTTGCCCAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009354
ATGGAGATTCTGGTGTTATGCATCTCAATAGTATTCTTGCTGTCCACTTTCATATTCTTTAAAAATGGAAGCCAAAAATCAAATGGAAAATTCCCTCCGGGGCCGCGAAAGCTGCCCTTGATCGGAAACATACACAATATGACGGGCGCGGTTCCTCACCGCGCCCTTCACACGCTTGCCCAGAAGTTCGGGCCCATGATGGGCCTTCAGCTGGGCGAAGTCTCTGCTGTTGTCATCTCCTCCGCCGATGCTGCAAAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792634.1
MEILVLCISIVFLLSTFIFFKNGSQKSNGKFPPGPRKLPLIGNIHNMTGAVPHRALHTLAQKFGPMMGLQLGEVSAVVISSADAAKQVMKTHDLNFASRPPISAAEIVGYGYTSITFSPYGEYWRQLRKICTLELLSAKRVESFRSLREEVFVDLSRRFASMEGSEINFSEEINTATYAVISRAVIGDEKQQHVALLPNVKQVMDLSAEFDIADLFPSIKLFKLVSGLRKKLMVLHKKIDGILEIVVNQHRNANSVNHED...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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