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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005393

染色体: Chr02 坐标: 74535387-74537827 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005393
名称SmilChr02G005393
描述uncharacterized protein At2g39795, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74535387 - 74537827 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009999
GeneID131009999
locus_tag-
NCBI NameLOC131009999
原始查询SmilChr02G005393

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831729]; symbol=AT5G02050; hit=AT5G02050; species=arabidopsis; confidence=medium
产物Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831729]; symbol=AT5G02050; hit=AT5G02050; species=arabidopsis; confidence=medium
ArabidopsisAT5G02050 (AT5G02050)
Mitochondrial glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831729]
identity=36.5; qcov=1.01; evalue=1.57e-37; confidence=medium
RiceOs01g0143300
-
identity=42; qcov=0.758; evalue=5.2e-35; confidence=medium
GOGO:0005759 (mitochondrial matrix)
KEGG-
PfamPF02330 (MAM33)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009999

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057793377.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057793377.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057793377.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793377.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793377.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74535525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C43
Chr2:74535666 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:74535683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr2:74536645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B30,B69,C19
Chr2:74536675 TC * 1bp_deletion CDS_variant 4 A18,A20,B22,C63
Chr2:74536700 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,A20,B20,B22,C63
Chr2:74536755 TCG * 2bp_deletion CDS_variant 4 B2,B20,B42,C14
Chr2:74536872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B17,B74,C73,C81
Chr2:74536875 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B17,B74,C73,C81
Chr2:74537614 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B80,B98
Chr2:74537753 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,A9,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057793377.1
264 aa
N
1
132
264
MAM33
C
PF02330 MAM33 77-217 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057793377.1 Pfam PF02330 MAM33 Domain 77 217 5.1e-26 92.6 Mitochondrial glycoprotein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937394.1
ACTGCAAAAACAATATGACGCCTCTCCTTCTCTCACTTCACAAAATCCTCATTTCTCCTTCTCTCTCCATCTCCACGAAAAATGGTCCTAAACAGCGTGATACGCAGAGCTTCGAGAGTCGTACCTTTGGCCATTAGGGCTTCCGCCGGAAGTCAGAGGTACCTGCACAACCACCATCATGGCGCAGCCGTTCGCGCCGCCGTCAATCAAACTTCACGCAATTTCTTTCCGAGGGTATTTCACCACTACTCCACCAAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009999
ATGGTCCTAAACAGCGTGATACGCAGAGCTTCGAGAGTCGTACCTTTGGCCATTAGGGCTTCCGCCGGAAGTCAGAGGTACCTGCACAACCACCATCATGGCGCAGCCGTTCGCGCCGCCGTCAATCAAACTTCACGCAATTTCTTTCCGAGGGTATTTCACCACTACTCCACCAAGCCCAAATCGGACGAGTTGCTCCTCCGAGTTCTCAAGTCCGAGATTATCGAGACTCAGACTGAAGAAGAGATCGAGATTCCCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793377.1
MVLNSVIRRASRVVPLAIRASAGSQRYLHNHHHGAAVRAAVNQTSRNFFPRVFHHYSTKPKSDELLLRVLKSEIIETQTEEEIEIPESFPFHIIDVPCPKETITLVREYNRENISVEVQIPDVGIPDEDDRQITQYCLPMLIKVSKPNSPSLEFSCGAYFDGTTIDSMSIKDPEVSEDQIAYEGPDFGDLDENLQKAFHKYLEIRGITPTVTALLCNHINLDQDCVERWVKEDLHLMFDPEPIDVEDVCLSPSGITFYGN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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