当前解析结果
SmilChr02G005411| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005411 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005411 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G005411 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74598765 - 74599655 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009381 |
|---|---|
| GeneID | 131009381 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009381 |
| 原始查询 | SmilChr02G005411 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0154500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os01g0154500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT5G01140 (AT5G01140)- identity=27; qcov=1.06; evalue=6.7e-15; confidence=low |
| Rice | Os01g0154500- identity=28.1; qcov=1.08; evalue=4.11e-16; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05056 (DUF674) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009381 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057792671.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057792671.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057792671.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792671.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792671.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74598909 |
T |
TA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B46,B77 |
Chr2:74598909 |
T |
TA |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B46,B77 |
Chr2:74599000 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr2:74599012 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B40 |
Chr2:74599073 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B132,C29,C33 |
Chr2:74599085 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B132,C29,C33 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792671.1PF05056
DUF674 7-184 aa
PF05056
DUF674 136-213 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792671.1 |
Pfam | PF05056 |
DUF674 | Family | 7 | 184 | 8.5e-36 | 124.5 | Protein of unknown function (DUF674) |
XP_057792671.1 |
Pfam | PF05056 |
DUF674 | Family | 136 | 213 | 8.5e-36 | 124.5 | Protein of unknown function (DUF674) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。