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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005434

染色体: Chr02 坐标: 74755413-74758564 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005434
名称SmilChr02G005434
描述probable beta-1,3-galactosyltransferase 2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74755413 - 74758564 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009395
GeneID131009395
locus_tag-
NCBI NameLOC131009395
原始查询SmilChr02G005434

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable beta-1,3-galactosyltransferase 2
产物probable beta-1%2C3-galactosyltransferase 2
ArabidopsisAT1G05170 (AT1G05170)
Galactosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839292]
identity=73.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0577500
-
identity=69.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000139 (Golgi membrane); GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016758 (hexosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01762 (Galactosyl_T); PF13334 (DUF4094)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009395

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057792683.1
2 Golgi stack 高尔基堆 0.20000 XP_057792683.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792683.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792683.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792683.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74755862 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr2:74755910 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr2:74755940 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B16,C8
Chr2:74756105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C72,D10
Chr2:74756860 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B16,B47,B87,C56,C65
Chr2:74756995 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr2:74757089 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr2:74757512 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr2:74757513 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792683.1
406 aa
N
1
203
406
DUF4094
Galactosyl_T
C
PF13334 DUF4094 17-113 aa PF01762 Galactosyl_T 151-348 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792683.1 Pfam PF13334 DUF4094 Family 17 113 5.2e-31 107.7 Domain of unknown function (DUF4094)
XP_057792683.1 Pfam PF01762 Galactosyl_T Family 151 348 1.2e-49 169.5 Galactosyltransferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936700.1
TATTTCAAGTCCCTTCCCTGCAAAGTGTGCTCATCTCTCAACAGCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCAAAGAATAAAGTAAAGCGAAACTTGAGAAGAATATTGGACAACGCCAGCCTTTTGTTGGGCTTCAACTAGTGATCTTCCTTAAACATTTCTTGATATATACAACATTCAATCCCCATCAAATTCTGGGAATTTGGGCTCAAGAAAAATTTCAACTTTTTTCATGGGAATTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009395
ATGAAGATCAGAGGCGGCGGAGAGCAGATTTCAAGGAGTAGTGTTGTGTCTCAAAAATGGGCTCTTTTTCTCTGCCTTGGTAGCTTCTGTGCAGGGCTGCTCTTCACCAACAGAATATGGATCGTGCCAGAAGCGAAAGGCGTGACAAGAACGACAGCATTTGAGGCCGAGAGGCTGAAGCTTAAGCTTGTAGCAGAAGGCTGTGATCCAACCTTTAGCAGTGTGAAAAGGGTGCCAAAGGAGATCTTCAAAGAAGCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792683.1
MKIRGGGEQISRSSVVSQKWALFLCLGSFCAGLLFTNRIWIVPEAKGVTRTTAFEAERLKLKLVAEGCDPTFSSVKRVPKEIFKEASNTQLAIETLDKTISTLETELAAARAAQESILSGAPTSENDKGSTKSRRKYFMVVGVNTAFSSRKRRDSVRATWMPQGEKRRALESEKGIVVRFVIGHSATLGGILDRAVEAEDQKHGDIMRLDHVEGYLELSAKTKAYFATAVSLWDAEYYVKVDDDVHVNIATLGETLARHR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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