当前解析结果
SmilChr02G005434| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005434 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005434 |
| 描述 | probable beta-1,3-galactosyltransferase 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74755413 - 74758564 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009395 |
|---|---|
| GeneID | 131009395 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009395 |
| 原始查询 | SmilChr02G005434 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable beta-1,3-galactosyltransferase 2 |
| 产物 | probable beta-1%2C3-galactosyltransferase 2 |
| Arabidopsis | AT1G05170 (AT1G05170)Galactosyltransferase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839292] identity=73.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0577500- identity=69.9; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0000139 (Golgi membrane); GO:0006486 (GO:0006486); GO:0016758 (hexosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01762 (Galactosyl_T); PF13334 (DUF4094) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009395 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 1.00000 | XP_057792683.1 |
| 2 | Golgi stack | 高尔基堆 | 0.20000 | XP_057792683.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792683.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792683.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792683.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74755862 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A21 |
Chr2:74755910 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B26 |
Chr2:74755940 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B16,C8 |
Chr2:74756105 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C72,D10 |
Chr2:74756860 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B16,B47,B87,C56,C65 |
Chr2:74756995 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B78 |
Chr2:74757089 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B103 |
Chr2:74757512 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C29 |
Chr2:74757513 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792683.1PF13334
DUF4094 17-113 aa
PF01762
Galactosyl_T 151-348 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792683.1 |
Pfam | PF13334 |
DUF4094 | Family | 17 | 113 | 5.2e-31 | 107.7 | Domain of unknown function (DUF4094) |
XP_057792683.1 |
Pfam | PF01762 |
Galactosyl_T | Family | 151 | 348 | 1.2e-49 | 169.5 | Galactosyltransferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。