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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005436

染色体: Chr02 坐标: 74769769-74777238 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005436
名称SmilChr02G005436
描述protein RRP6-like 3
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74769769 - 74777238 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009397
GeneID131009397
locus_tag-
NCBI NameLOC131009397
原始查询SmilChr02G005436

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein RRP6-like 3
产物protein RRP6-like 3
ArabidopsisAT2G32415 (AT2G32415)
Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H fold protein with HRDC domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817803]
identity=57.5; qcov=0.996; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0513100
-
identity=51.7; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000166 (nucleotide binding); GO:0000175 (3'-5'-RNA exonuclease activity); GO:0000176 (nuclear exosome (RNase complex)); GO:0000467 (exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA)); GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0005730 (nucleolus); GO:0071035 (nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process); GO:0071036 (nuclear polyadenylation-dependent snoRNA catabolic process); GO:0071037 (nuclear polyadenylation-dependent snRNA catabolic process); GO:0071038 (TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway); GO:0071039 (nuclear polyadenylation-dependent CUT catabolic process); GO:0071040 (nuclear polyadenylation-dependent antisense transcript catabolic process); GO:0071044 (histone mRNA catabolic process); GO:0071051 (poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing)
KEGG-
PfamPF00570 (HRDC); PF01612 (DNA_pol_A_exo1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009397

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792685.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057792685.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057792685.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792685.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792685.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74770036 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C37
Chr2:74770056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C70,D1
Chr2:74770072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr2:74770114 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B72
Chr2:74772128 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B101,B122,B3,B4,C85
Chr2:74772157 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,B72,C51
Chr2:74772169 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,C62,D6
Chr2:74772431 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A1,B10,B41,C31,C47
Chr2:74772450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr2:74773108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr2:74773139 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:74773179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792685.1
964 aa
N
1
482
964
DNA_pol_A_exo1
HRDC
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 131-298 aa PF00570 HRDC 367-410 aa
XP_057792686.1
941 aa
N
1
470
941
DNA_pol_A_exo1
HRDC
C
PF01612 DNA_pol_A_exo1 131-298 aa PF00570 HRDC 367-410 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792685.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 131 298 1.5e-50 172.1 3'-5' exonuclease
XP_057792685.1 Pfam PF00570 HRDC Domain 367 410 1.2e-07 32.3 HRDC domain
XP_057792686.1 Pfam PF01612 DNA_pol_A_exo1 Domain 131 298 1.4e-50 172.2 3'-5' exonuclease
XP_057792686.1 Pfam PF00570 HRDC Domain 367 410 1.5e-07 31.9 HRDC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936703.1
TAGCCCACTTTGACTAGGCAATTTCTTCAGCCCAGAAATTAAAAAAGAAATTTTCTGCTTCATCAATGGCGGTCTCGCTGCTTCAACGAAGAAGCACTACTTCTTCCATAGTTGCTTCAGCTAGCAAAATCTTCACGTTGGATGCGCCAACTCTTAGGCTAATTCGATAAAATTATTGATATTTGGTGTCGGAAAAGAAGTGCATTAGTGCCGCTGGATTACTAATATGGGTTCAACATTTGGAGCTGCGGCAATGGCGG...
XM_057936702.1
TAGCCCACTTTGACTAGGCAATTTCTTCAGCCCAGAAATTAAAAAAGAAATTTTCTGCTTCATCAATGGCGGTCTCGCTGCTTCAACGAAGAAGCACTACTTCTTCCATAGTTGCTTCAGCTAGCAAAATCTTCACGTTGGATGCGCCAACTCTTAGGCTAATTCGATAAAATTATTGATATTTGGTGTCGGAAAAGAAGTGCATTAGTGCCGCTGGATTACTAATATGGGTTCAACATTTGGAGCTGCGGCAATGGCGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131009397
ATGGGTTCAACATTTGGAGCTGCGGCAATGGCGGTGGACAACGATAAGCTCGGAGCAGCACCCCTTGTTATCGCCGCCACCTGTTTGCTCGCACTTGCAATCTCTGTTCATCTCATAAAGCAATTCTTCGCGAACACGAAGTGCAAAAAACCTTGTTATTTGATTACGGAACCGAAGCCCCAATACAAATTCAAGCGAGTATTGGCGGATAATTCGTACTCTCAATTCAAACACCTTAAGCTCCACGCAGAGGATTCTGT...
LOC131009397
ATGGGTTCAACATTTGGAGCTGCGGCAATGGCGGTGGACAACGATAAGCTCGGAGCAGCACCCCTTGTTATCGCCGCCACCTGTTTGCTCGCACTTGCAATCTCTGTTCATCTCATAAAGCAATTCTTCGCGAACACGAAGTGCAAAAAACCTTGTTATTTGATTACGGAACCGAAGCCCCAATACAAATTCAAGCGAGTATTGGCGGATAATTCGTACTCTCAATTCAAACACCTTAAGCTCCACGCAGAGGATTCTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057792685.1
MGSTFGAAAMAVDNDKLGAAPLVIAATCLLALAISVHLIKQFFANTKCKKPCYLITEPKPQYKFKRVLADNSYSQFKHLKLHAEDSVIEEEYSDLHPYKGEISSLMKNANVEILELFEGCEKWSLEMGGEYVWVEEEAQLREVAEELSNEKVFAVDTEQHGLRSFLGFTALIQISTMSKDYLIDTIILHDVMGLLRPVFANPGICKVFHGAHNDILWLQRDFHIYVVNLFDTAKACDILSKPQKSLAYLLETYCSVATNK...
XP_057792686.1
MGSTFGAAAMAVDNDKLGAAPLVIAATCLLALAISVHLIKQFFANTKCKKPCYLITEPKPQYKFKRVLADNSYSQFKHLKLHAEDSVIEEEYSDLHPYKGEISSLMKNANVEILELFEGCEKWSLEMGGEYVWVEEEAQLREVAEELSNEKVFAVDTEQHGLRSFLGFTALIQISTMSKDYLIDTIILHDVMGLLRPVFANPGICKVFHGAHNDILWLQRDFHIYVVNLFDTAKACDILSKPQKSLAYLLETYCSVATNK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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