Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005438`

染色体: Chr02 坐标: 74783142-74784810 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005438`
名称	SmilChr02G005438
描述	uncharacterized SmilChr02G005438
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	74783142 - 74784810 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009400`
GeneID	`131009400`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009400`
原始查询	`SmilChr02G005438`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819786]; symbol=AT3G06130; hit=AT3G06130; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819786]; symbol=AT3G06130; hit=AT3G06130; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G06130` (AT3G06130) Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819786] identity=35.4; qcov=0.422; evalue=1.83e-10; confidence=low
Rice	`Os01g0125600` (P0044F08.14) - identity=35.9; qcov=0.416; evalue=3.4e-09; confidence=low
GO	GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792691.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057792691.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792691.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792691.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792691.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:74783323`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C4
`Chr2:74783396`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B104,D10
`Chr2:74783398`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B104,D10
`Chr2:74783407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B104,D10
`Chr2:74783440`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A9,B32,C22,C35,D11
`Chr2:74783443`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,D10
`Chr2:74783449`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,B104,D10
`Chr2:74783984`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B120,B33,B74,C56
`Chr2:74783990`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C73,C80
`Chr2:74784017`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A19,B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936708.1
CTAAACGCAAGAGTTAGAGAAAACAAAAAAATCGTGTTGACAAGTTTTCCACCAAGAAATTTATCCCTCATGGAGAATGGATATGCAACTTTGCGTTGTGTTTTAAAAGTGCACCTTCGTTGTGATGCATGCAAGAGACACACCATGGAAATACTAGGTTCCATTGTTGGCACATACGATATTACTATGGATGCAGAGAGAAGAACAGCCATGATTGTGGGGCAAGTCGAGCCAAACTATTGTATCAGAGCTATAACCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009400
ATGGAGAATGGATATGCAACTTTGCGTTGTGTTTTAAAAGTGCACCTTCGTTGTGATGCATGCAAGAGACACACCATGGAAATACTAGGTTCCATTGTTGGCACATACGATATTACTATGGATGCAGAGAGAAGAACAGCCATGATTGTGGGGCAAGTCGAGCCAAACTATTGTATCAGAGCTATAACCAGATGCGACGGACACGCAGAACTCGTGTGGGCAAATCTCAGCCATCCAAGGACACGTGGCACATCGTACGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792691.1
MENGYATLRCVLKVHLRCDACKRHTMEILGSIVGTYDITMDAERRTAMIVGQVEPNYCIRAITRCDGHAELVWANLSHPRTRGTSYGYGSSSYYDSFGESYGMWREDPTRSIPDYSYTANNINYDRRRRDPYYPLIDYTIPYHIEESMNLCSIL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器