当前解析结果
SmilChr02G005441| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005441 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005441 |
| 描述 | anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74799341 - 74800918 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009402 |
|---|---|
| GeneID | 131009402 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009402 |
| 原始查询 | SmilChr02G005441 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like |
| 产物 | anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like |
| Arabidopsis | AT3G21750 (UGT71B1)UDP-glucosyl transferase 71B1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821729] identity=42.8; qcov=1; evalue=1.63e-115; confidence=medium |
| Rice | Os07g0503300 (OsUGT707A5)- identity=38; qcov=1.05; evalue=1.24e-84; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009402 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057792694.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.40000 | XP_057792694.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792694.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792694.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792694.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74799549 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B22,D1 |
Chr2:74799596 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B120,B33,B74,C56 |
Chr2:74799613 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B111,B120,B33,B74,C56 |
Chr2:74799616 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,B9,C5 |
Chr2:74799621 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B25,C81,D1 |
Chr2:74799674 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B131 |
Chr2:74799706 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A4,B22,D1 |
Chr2:74799733 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B126,B9,C5 |
Chr2:74799747 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 8 | A18,B108,B56,B96,C23,C78,C82,D9 |
Chr2:74799767 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 4 | B100,B75,B95,C19 |
Chr2:74799767 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B100,B75,B95,C19 |
Chr2:74799771 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792694.1PF00201
UDPGT 255-404 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792694.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 255 | 404 | 8.1e-25 | 88.3 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。