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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005445

染色体: Chr02 坐标: 74821409-74826421 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005445
名称SmilChr02G005445
描述condensin complex subunit 2
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74821409 - 74826421 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009408
GeneID131009408
locus_tag-
NCBI NameLOC131009408
原始查询SmilChr02G005445

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述condensin complex subunit 2
产物condensin complex subunit 2
ArabidopsisAT2G32590 (EMB2795)
condensin complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817819]
identity=57.3; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0532800
-
identity=48.9; qcov=0.433; evalue=7.23e-79; confidence=low
GOGO:0000796 (condensin complex); GO:0003682 (chromatin binding); GO:0007076 (mitotic chromosome condensation)
KEGG-
PfamPF05786 (Cnd2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009408

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792703.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057792703.1
3 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057792703.1
4 Nuclear body 核内小体 0.80000 XP_057792703.1
5 Centromere 着丝粒 0.20000 XP_057792703.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74821519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B100,B8,C15
Chr2:74821531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:74821532 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 9 A24,A6,B112,B126,B131,B7,B94,C13,D5
Chr2:74821552 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,B140,C24,C3,C78
Chr2:74821554 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,C33
Chr2:74821566 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 26 A1,A22,A5,B100,B102,B104,B117,B128,B20,B28,B58,B64,B8,B99,C15,C16,C28,C4,C48,C49,C5,C54,C75,C86,D10,D7
Chr2:74821574 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C18
Chr2:74821610 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B29
Chr2:74821610 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B29
Chr2:74821648 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr2:74821665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C46,D11
Chr2:74821670 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C47,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792703.1
656 aa
N
1
328
656
Cnd2
Cnd2
C
PF05786 Cnd2 17-508 aa PF05786 Cnd2 535-651 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792703.1 Pfam PF05786 Cnd2 Family 17 508 3.7e-117 393.7 Condensin complex subunit 2
XP_057792703.1 Pfam PF05786 Cnd2 Family 535 651 3.7e-117 393.7 Condensin complex subunit 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936720.1
AAACAGAGTTTCGAAAACCACTTTCAAACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCTCTAAAATCTCTGGGAATTCCGGCCTCCGTCTGCAACCTGAAATGGGGGAAACCTTGAGCCCAATTTTGAAGCAAAGAGCTCCTCCATTTTCCCCGATAAAGAGCCCTCTGTTTGCAATAGGCTCCAACGACGACAAGCTCGAGCGGGCTCAGGCCCGCGCCGCACGCGCCGCCGCCATCCGCCGCAAGCCCACCGTCGTCTCCACCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009408
ATGGGGGAAACCTTGAGCCCAATTTTGAAGCAAAGAGCTCCTCCATTTTCCCCGATAAAGAGCCCTCTGTTTGCAATAGGCTCCAACGACGACAAGCTCGAGCGGGCTCAGGCCCGCGCCGCACGCGCCGCCGCCATCCGCCGCAAGCCCACCGTCGTCTCCACCTCCGTCTCGCCCGAGACCGACTCGTGTCTTGGGAAGGAACAGATCCTCGACTTGTTCCACAACTGCATCAAACTAGCCAGCGAAAATAAAATCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792703.1
MGETLSPILKQRAPPFSPIKSPLFAIGSNDDKLERAQARAARAAAIRRKPTVVSTSVSPETDSCLGKEQILDLFHNCIKLASENKINQKNTWELTLIDHLCEIIKVEEEDDTETNFQKASCTLEAGVKIYSMRVDSVHSEAYKVLGGINRVGQEDEKDDAVEDGNVTAGQGEDDEKKEQGRKLSPLSTLESSFTAINVKKFDVAFVVDPLYHQTSAQFDEGGAKGLLLNNLGVYGNCQVLFDSLEVPGKCSSPVARDEGA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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