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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005460

染色体: Chr02 坐标: 74911602-74916578 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005460
名称SmilChr02G005460
描述triacylglycerol lipase 2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74911602 - 74916578 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009422
GeneID131009422
locus_tag-
NCBI NameLOC131009422
原始查询SmilChr02G005460

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述triacylglycerol lipase 2-like
产物triacylglycerol lipase 2-like
ArabidopsisAT5G14180 (MPL1)
Myzus persicae-induced lipase 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831268]
identity=48; qcov=1.02; evalue=1.96e-138; confidence=high
RiceOs04g0280600 (AM20)
-
identity=52.2; qcov=1.06; evalue=1.06e-136; confidence=high
GOGO:0006629 (lipid metabolic process); GO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGGsmil00100 (Steroid biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04148 (Efferocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF04083 (Abhydro_lipase); PF12146 (Hydrolase_4)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009422

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.80000 XP_057792722.1
2 Lysosome 溶酶体 0.20000 XP_057792722.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057792722.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792722.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792722.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74911617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr2:74911641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C9
Chr2:74912296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:74912299 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:74912329 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr2:74912330 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B132,B60,C37,C47
Chr2:74912501 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B53
Chr2:74912525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D4
Chr2:74912582 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B131,B31,C3
Chr2:74913474 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 6 A25,B128,B58,C16,C45,C53
Chr2:74913495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr2:74913503 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B138,C59

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792722.1
400 aa
N
1
200
400
Abhydro_lipase
Abhydrolase_1
Hydrolase_4
C
PF04083 Abhydro_lipase 44-103 aa PF00561 Abhydrolase_1 85-361 aa PF12146 Hydrolase_4 109-363 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792722.1 Pfam PF04083 Abhydro_lipase Family 44 103 6.9e-21 74.3 Partial alpha/beta-hydrolase lipase region
XP_057792722.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 85 361 2.6e-14 54.2 alpha/beta hydrolase fold
XP_057792722.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 109 363 4.8e-08 33.3 Serine aminopeptidase, S33

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936739.1
ATGGTGATGAAGACAGCGACATCCTTAATTTTGTTGCTACTTCTGTTTGCTGTCTTAGCTGTAGGTGGAAGAGCAAAGATTTCAAGGGAATTAACAACCATTAATTATGGTGATGGAATCTGTCACTTAATGGTGGAGACACAAGGCTATACTTGTGAAGAACATATGGTGACAACAAAAGATGGATACATCCTAAGCTTGCAGAGGATTCCTACGGGGCGGTCGGGCGCAACGACAAAGGGGGGGCCGAAGCCCCCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009422
ATGGTGATGAAGACAGCGACATCCTTAATTTTGTTGCTACTTCTGTTTGCTGTCTTAGCTGTAGGTGGAAGAGCAAAGATTTCAAGGGAATTAACAACCATTAATTATGGTGATGGAATCTGTCACTTAATGGTGGAGACACAAGGCTATACTTGTGAAGAACATATGGTGACAACAAAAGATGGATACATCCTAAGCTTGCAGAGGATTCCTACGGGGCGGTCGGGCGCAACGACAAAGGGGGGGCCGAAGCCCCCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792722.1
MVMKTATSLILLLLLFAVLAVGGRAKISRELTTINYGDGICHLMVETQGYTCEEHMVTTKDGYILSLQRIPTGRSGATTKGGPKPPVLLQHGLMSDAMTWLAMSPDESLGFILADNGFDVWLGNVRGTNYSSSHTLINSVNPLYWDWSWDELVAYDLPAMVEYVHDQTGQKLHYVGHSLGTLMAFGAFSKHEVLSMVRSAALLSPIAYMGQMPSPLARAAADQFTAEATRWSGIQVFAPGGGPATQLVANICSHMDCSNM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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