当前解析结果
SmilChr02G005462| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005462 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005462 |
| 描述 | centromere/kinetochore protein zw10 homolog |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74921594 - 74926147 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009423 |
|---|---|
| GeneID | 131009423 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009423 |
| 原始查询 | SmilChr02G005462 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | centromere/kinetochore protein zw10 homolog |
| 产物 | centromere/kinetochore protein zw10 homolog |
| Arabidopsis | AT2G32900 (ATZW10)centromere/kinetochore protein, putative (ZW10) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817851] identity=54; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os11g0545700- identity=59; qcov=0.382; evalue=5.02e-114; confidence=low |
| GO | GO:0000278 (mitotic cell cycle); GO:0000775 (chromosome, centromeric region); GO:0005634 (nucleus); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0007094 (mitotic spindle assembly checkpoint signaling); GO:1990423 (RZZ complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06248 (Zw10_N); PF20665 (Zw10_middle); PF20666 (ZW10_C); PF22766 (ZW10_C2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009423 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057792723.1 |
| 2 | Phragmoplast | Phragmoplast | 0.40000 | XP_057792723.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057792723.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057792723.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792723.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74922163 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,B68 |
Chr2:74922354 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr2:74922371 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B69,D6 |
Chr2:74922401 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A6,B37,C8 |
Chr2:74922766 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr2:74922807 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A3,B101,C85 |
Chr2:74922966 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A3,B101,C85 |
Chr2:74923016 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B53 |
Chr2:74923276 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B113,B41,C13,C36,C46 |
Chr2:74923721 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A3 |
Chr2:74923939 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B90,B92 |
Chr2:74923972 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D4 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792723.1PF06248
Zw10_N 37-126 aa
PF20665
Zw10_middle 177-414 aa
PF20666
ZW10_C 447-575 aa
PF22766
ZW10_C2 598-754 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792723.1 |
Pfam | PF06248 |
Zw10_N | Repeat | 37 | 126 | 1.8e-14 | 54.8 | Centromere/kinetochore Zw10 N-terminal |
XP_057792723.1 |
Pfam | PF20665 |
Zw10_middle | Repeat | 177 | 414 | 4.3e-44 | 151.8 | Centromere/kinetochore protein zw10, middle domain |
XP_057792723.1 |
Pfam | PF20666 |
ZW10_C | Repeat | 447 | 575 | 8.8e-41 | 139.7 | Centromere/kinetochore protein zw10, C-terminal |
XP_057792723.1 |
Pfam | PF22766 |
ZW10_C2 | Repeat | 598 | 754 | 4.9e-39 | 134.6 | ZW10 C-terminal helical domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。