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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005463

染色体: Chr02 坐标: 74928194-74931840 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005463
名称SmilChr02G005463
描述GDSL esterase/lipase At2g04570-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向74928194 - 74931840 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009425
GeneID131009425
locus_tag-
NCBI NameLOC131009425
原始查询SmilChr02G005463

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述GDSL esterase/lipase At2g04570-like
产物GDSL esterase/lipase At2g04570-like
ArabidopsisAT2G04570 (AT2G04570)
GDSL-like Lipase/Acylhydrolase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814999]
identity=63.8; qcov=0.938; evalue=8.74e-160; confidence=high
RiceOs09g0132900 (OsGELP98)
-
identity=52.8; qcov=0.949; evalue=1.03e-124; confidence=high
GOGO:0016788 (hydrolase activity, acting on ester bonds)
KEGG-
PfamPF00657 (Lipase_GDSL)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057792724.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792724.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792724.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792724.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792724.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:74930267 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr2:74930369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B115,B12,B138,C61,C81
Chr2:74930376 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B61,B89,C50
Chr2:74930378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B78
Chr2:74930386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B139,B69,B8,C42
Chr2:74931423 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A7,B42,B43,B59,D10
Chr2:74931450 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B69,C2,D4,D6
Chr2:74931495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr2:74931525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B51,B52
Chr2:74931534 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:74931561 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:74931573 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,C39,C40

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792724.1
353 aa
N
1
176
353
Lipase_GDSL
C
PF00657 Lipase_GDSL 29-344 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792724.1 Pfam PF00657 Lipase_GDSL Family 29 344 7.5e-28 98.8 GDSL-like Lipase/Acylhydrolase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936741.1
AAACCCTTCTCATTTATCACATCCAACCAAAAACAGAAAAAATATTTCCCCCAAAACTGATTTCACAAAAATTAATTCCACAATGCCTAGCTCTCCTCTCCTAGCTCCCGCAGCTTGCCTCCTCCTCTGCCTCCTCGGCGGCGCCGCCGCTGCGGCGGTCCCGGCGGTGATCGTGTTCGGAGACTCCTCGGTCGACGCCGGCAACAACAACCAGATATCCACCGTGCTGCGGAGCAACTTCCGCCCCTACGGCCGCGACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009425
ATGCCTAGCTCTCCTCTCCTAGCTCCCGCAGCTTGCCTCCTCCTCTGCCTCCTCGGCGGCGCCGCCGCTGCGGCGGTCCCGGCGGTGATCGTGTTCGGAGACTCCTCGGTCGACGCCGGCAACAACAACCAGATATCCACCGTGCTGCGGAGCAACTTCCGCCCCTACGGCCGCGACTTCTTCGGCGGCCGCCCGACGGGGAGGTTCTCGAACGGCCGCATTCCGCCGGATTTCATCTCGGAGGCGTTCGGTCTCCGGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792724.1
MPSSPLLAPAACLLLCLLGGAAAAAVPAVIVFGDSSVDAGNNNQISTVLRSNFRPYGRDFFGGRPTGRFSNGRIPPDFISEAFGLRPFVPAYLDPQYNISDFAAGVCFASAGTGFDNVTSNVLNVIPLWKEVEYYKEYQNKLKAYVGEAKAKSIINEALYLVSLGTNDFLENYYTIPNTRSKYTTVDQYQDFLIGLVEEFLTGIYGLGARKISLTGLPPMGCLPLERSTNYVNGNGNECMEGYNVVALHFNEKLGGLVEK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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