当前解析结果
SmilChr02G005468| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005468 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005468 |
| 描述 | major pollen allergen Ole e 10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74963740 - 74965999 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009430 |
|---|---|
| GeneID | 131009430 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009430 |
| 原始查询 | SmilChr02G005468 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | major pollen allergen Ole e 10-like |
| 产物 | major pollen allergen Ole e 10-like |
| Arabidopsis | AT5G67460 (AT5G67460)O-Glycosyl hydrolases family 17 protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836882] identity=50.7; qcov=0.751; evalue=1.42e-37; confidence=medium |
| Rice | Os10g0347000- identity=50.4; qcov=0.651; evalue=5.26e-34; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF07983 (X8) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009430 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Secreted | 分泌到胞外 | 1.00000 | XP_057792731.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792731.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792731.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792731.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792731.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74964353 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C70 |
Chr2:74964457 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B120,C85 |
Chr2:74964497 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr2:74964530 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B60,C11,C69 |
Chr2:74964535 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B105,B132,B64,C82 |
Chr2:74964540 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B101,C20,C49 |
Chr2:74964552 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr2:74964554 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,B133,B136,B44 |
Chr2:74964584 |
G |
GT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B140,B42,B43,C2,C32,C68,D10 |
Chr2:74964591 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr2:74964605 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B93,C41 |
Chr2:74964605 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C41 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792731.1PF07983
X8 102-173 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792731.1 |
Pfam | PF07983 |
X8 | Domain | 102 | 173 | 2.9e-21 | 76.6 | X8 domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。