当前解析结果
SmilChr02G005474| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005474 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005474 |
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 71E1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74990668 - 74992966 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009437 |
|---|---|
| GeneID | 131009437 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009437 |
| 原始查询 | SmilChr02G005474 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | UDP-glycosyltransferase 71E1-like |
| 产物 | UDP-glycosyltransferase 71E1-like |
| Arabidopsis | AT3G21790 (AT3G21790)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821733] identity=45.3; qcov=1.03; evalue=1.28e-132; confidence=high |
| Rice | Os07g0564100 (OJ1112_E08.105)- identity=37.8; qcov=1.03; evalue=1.16e-88; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009437 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057792740.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057792740.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792740.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792740.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792740.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:74990756 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 56 | A10,A18,A2,A3,A9,B1,B107,B111,B113,B121,B123,B126,B127,B128,B129,B136,B15,B2,B26,B28,B3,B33,B41,B5,B59,B6,B61,B70,B71,B72,B76,B88,B9,B90,B92,B94,B98,C13,C2,C20,C24,C25,C27,C40,C41,C45,C5,C51,C54,C62,C63,C70,C84,C9,D5,D7 |
Chr2:74990832 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B42,B43,B50,C40 |
Chr2:74990837 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B110,C59,C85 |
Chr2:74991090 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B138,B56,B96 |
Chr2:74991091 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A15,B64,D6 |
Chr2:74991113 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B110,B35,C13,C59,C85 |
Chr2:74991122 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B60,C11,C69 |
Chr2:74991171 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A18,B56,B96 |
Chr2:74991195 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
Chr2:74991212 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B60,C11,C69 |
Chr2:74991269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C19 |
Chr2:74991289 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C76,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792740.1PF00201
UDPGT 258-394 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792740.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 258 | 394 | 1.6e-19 | 70.9 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。