当前解析结果
SmilChr02G005476| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005476 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005476 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G005476 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 74998728 - 74999610 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131010022 |
|---|---|
| GeneID | 131010022 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131010022 |
| 原始查询 | SmilChr02G005476 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low |
| 产物 | Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low |
| Arabidopsis | AT4G29090 (AT4G29090)Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=31.9; qcov=1.09; evalue=2.83e-22; confidence=low |
| Rice | Os01g0930300- identity=21.6; qcov=1.02; evalue=4.26e-07; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131010022 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057793399.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057793399.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057793399.1 |
| 4 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.20000 | XP_057793399.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057793399.1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057793399.1PF13966
zf-RVT 1-52 aa
PF13456
RVT_3 179-246 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057793399.1 |
Pfam | PF13966 |
zf-RVT | Domain | 1 | 52 | 5.9e-09 | 37.2 | zinc-binding in reverse transcriptase |
XP_057793399.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 179 | 246 | 8.9e-12 | 45.7 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。