当前解析结果
SmilChr02G005477| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005477 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005477 |
| 描述 | anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 75002301 - 75004018 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009439 |
|---|---|
| GeneID | 131009439 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009439 |
| 原始查询 | SmilChr02G005477 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like |
| 产物 | anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like |
| Arabidopsis | AT3G21790 (AT3G21790)UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821733] identity=42.4; qcov=1.01; evalue=8.06e-121; confidence=medium |
| Rice | Os07g0503300 (OsUGT707A5)- identity=38.5; qcov=0.977; evalue=5.4e-82; confidence=medium |
| GO | GO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00201 (UDPGT) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009439 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057792742.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057792742.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792742.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792742.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792742.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:75002653 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A23 |
Chr2:75002672 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B33,B54,C48 |
Chr2:75002732 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr2:75002738 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A6 |
Chr2:75002758 |
CG |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 2 | C5,C8 |
Chr2:75002758 |
CG |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 2 | C5,C8 |
Chr2:75002761 |
CTG |
* |
2bp_deletion | CDS_variant | 5 | B115,B123,B34,B70,C26 |
Chr2:75002808 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr2:75002809 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr2:75002816 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B120,B78 |
Chr2:75002891 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C76,D8 |
Chr2:75002900 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,B37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792742.1PF00201
UDPGT 269-398 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792742.1 |
Pfam | PF00201 |
UDPGT | Family | 269 | 398 | 1.5e-21 | 77.6 | UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。