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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005479

染色体: Chr02 坐标: 75007221-75009530 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005479
名称SmilChr02G005479
描述anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75007221 - 75009530 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009454
GeneID131009454
locus_tag-
NCBI NameLOC131009454
原始查询SmilChr02G005479

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like
产物anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase 2-like
ArabidopsisAT3G21800 (UGT71B8)
UDP-glucosyl transferase 71B8 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821734]
identity=40.8; qcov=1.04; evalue=1.36e-116; confidence=medium
RiceOs07g0503300 (OsUGT707A5)
-
identity=37.9; qcov=1.04; evalue=1.89e-85; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009454

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792765.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057792765.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792765.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792765.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792765.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75007912 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C13,C19
Chr2:75007955 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr2:75007964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B125
Chr2:75008093 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B28,B94
Chr2:75008134 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B42,B43,B59,B95,C48
Chr2:75008170 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B32,B57,C14,C43,D4
Chr2:75008175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B11,B125,C37,C58
Chr2:75008180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C46
Chr2:75008227 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,C18
Chr2:75008246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B112,B30,B8,C11,C69
Chr2:75008327 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B76,B98
Chr2:75008360 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792765.1
468 aa
N
1
234
468
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 264-403 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792765.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 264 403 5.2e-24 85.6 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936782.1
CTAATTTAGTTATATATATTATTTAACTAAGACTTTTTTGAAAATAGTAATTGTGGTTAGCAAAATTCTTGTCTTTTACTTCACTTAATTAACCTCCAATTATTTTCCTTAAACAATCAAGTCACATGACTCACATTTTCTCTTTGCTCATGATGATTTCAATTTCCCACCAACTATTTTATCTAAATGGTTGGTTGATTGAAAAACAATGATTAGGTCAAATACATTGACACCTAACATAAGCAAAAGTACATATATAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009454
ATGGCTGTTGATGAAAAAGCAAGCCTAGTGTTCATCCCCTTCCCCGTCGTGAGCCACCTGGTCACGGCGGTGAAGACGGCGGAGCTCCTCGCCGCCCACGACAGCCGCCTCTCCATCACAGTCCTCGTCATGAGCATGCCGACGGACACCAAGATCAGCTCCTACATCAAGAATCCGCGGATCAACTTCGTGCAGCTCGAACAAGACGTATCCAACGGCGCAGAAGCGATCATGAAGCCTCCCAAGAGCATGATGCATTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792765.1
MAVDEKASLVFIPFPVVSHLVTAVKTAELLAAHDSRLSITVLVMSMPTDTKISSYIKNPRINFVQLEQDVSNGAEAIMKPPKSMMHFAGRHRDSARAVVSEMKRSCRVAGIFVDIMCVDMIDVAKELKISSYIFFASGAAVLGLTFDLQSLRDDGGRNLAEFEGSDEVVTISSYVNPVPARVWPESVFDGESGFLELSRKAREADGIVINTFLELESYAIGSTYANERIPRFYPIGPIIGEGKDENDESRQRRGEIMRWL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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