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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005482

染色体: Chr02 坐标: 75029459-75031696 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005482
名称SmilChr02G005482
描述zinc transporter 8-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75029459 - 75031696 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009467
GeneID131009467
locus_tag-
NCBI NameLOC131009467
原始查询SmilChr02G005482

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc transporter 8-like
产物zinc transporter 8-like
ArabidopsisAT1G05300 (ZIP5)
zinc transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837029]
identity=55.9; qcov=0.966; evalue=5.26e-133; confidence=high
RiceOs05g0472700 (OsZIP5)
-
identity=56.3; qcov=1.02; evalue=8.23e-133; confidence=high
GOGO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0071577 (zinc ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02535 (Zip)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009467

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057792792.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792792.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792792.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792792.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792792.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75029600 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B2,C49,C72
Chr2:75029610 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 B117,B121,B130,B133,B20,B5,B68,B74,B77,B83,C21,C61,C79,C87
Chr2:75029632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr2:75029633 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B126,B88,B9,C5
Chr2:75029654 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C13
Chr2:75029659 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B131,B3,B41,C80
Chr2:75029674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B93,C13,C87
Chr2:75029678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:75029731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B55,C23,C72
Chr2:75029747 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C1
Chr2:75029761 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B76,C29,C82
Chr2:75029770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792792.1
350 aa
N
1
175
350
Zip
C
PF02535 Zip 44-347 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792792.1 Pfam PF02535 Zip Family 44 347 1.3e-78 265.2 ZIP Zinc transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936809.1
ATCATGTTGTCATCATGTTTTCAGCCTCAGTAACAAATACAGATCGTGGCGAAAATTTAACGTTCGAATTTTATGCAATCCCTATATATACACATATATAGAAGCAAAGAAATTTCAAAAAAAAAAAATTACACACTAAATATTAATCCATTAATTGATTATGGCGAAATCGGCATTTTCTTCAATGAAATTAGCATTCCTCGCGGCGGCGGCGATGCTGCCGGCGGCGGCGCTCGCCGGGTGCACGTGCGAGGCCGACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009467
ATGGCGAAATCGGCATTTTCTTCAATGAAATTAGCATTCCTCGCGGCGGCGGCGATGCTGCCGGCGGCGGCGCTCGCCGGGTGCACGTGCGAGGCCGACGAGGAGGATCGCGACAAGACGCTGGCGCTGAAATACAAGATGGCGGCGCTGGCGTCGATCCTGGCGGCGGGCGCCGCCGGCGTGTGCCTCCCGGTGGCGGCGAAGCGGATTCCGGCGCTGAGCCCGGAGAGAAGCCTTTTCTTCGTGGTGAAGGCGTTCGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792792.1
MAKSAFSSMKLAFLAAAAMLPAAALAGCTCEADEEDRDKTLALKYKMAALASILAAGAAGVCLPVAAKRIPALSPERSLFFVVKAFAAGVILSTGFIHVLPDAFESLTSPCIPEHPWGDFPFTGFVAMVAAIGTLMVDTYATSYYGRRSRVKAADGGHDDEERAVPVHTHAVHGHSHGAVSLEAVSGDTELLRHRVISQVLELGIIVHSVIIGIALGASESPKTIKPLIAALTFHQFFEGIGLGGCITQAKFNARAVAIM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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