当前解析结果
SmilChr02G005482| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005482 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005482 |
| 描述 | zinc transporter 8-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 75029459 - 75031696 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009467 |
|---|---|
| GeneID | 131009467 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009467 |
| 原始查询 | SmilChr02G005482 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | zinc transporter 8-like |
| 产物 | zinc transporter 8-like |
| Arabidopsis | AT1G05300 (ZIP5)zinc transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837029] identity=55.9; qcov=0.966; evalue=5.26e-133; confidence=high |
| Rice | Os05g0472700 (OsZIP5)- identity=56.3; qcov=1.02; evalue=8.23e-133; confidence=high |
| GO | GO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0071577 (zinc ion transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02535 (Zip) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009467 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057792792.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792792.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792792.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792792.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792792.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:75029600 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B2,C49,C72 |
Chr2:75029610 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 14 | B117,B121,B130,B133,B20,B5,B68,B74,B77,B83,C21,C61,C79,C87 |
Chr2:75029632 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B93 |
Chr2:75029633 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B126,B88,B9,C5 |
Chr2:75029654 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B93,C13 |
Chr2:75029659 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B131,B3,B41,C80 |
Chr2:75029674 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B93,C13,C87 |
Chr2:75029678 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr2:75029731 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A7,B55,C23,C72 |
Chr2:75029747 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B107,C1 |
Chr2:75029761 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B76,C29,C82 |
Chr2:75029770 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B121 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792792.1PF02535
Zip 44-347 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792792.1 |
Pfam | PF02535 |
Zip | Family | 44 | 347 | 1.3e-78 | 265.2 | ZIP Zinc transporter |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。