Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005483`

染色体: Chr02 坐标: 75034610-75036354 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005483`
名称	SmilChr02G005483
描述	zinc transporter 8-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	75034610 - 75036354 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009466`
GeneID	`131009466`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009466`
原始查询	`SmilChr02G005483`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc transporter 8-like
产物	zinc transporter 8-like
Arabidopsis	`AT1G05300` (ZIP5) zinc transporter 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837029] identity=56.5; qcov=0.957; evalue=3.23e-129; confidence=high
Rice	`Os05g0472700` (OsZIP5) - identity=52.3; qcov=1.01; evalue=2.06e-126; confidence=high
GO	GO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0071577 (zinc ion transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF02535 (Zip)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009466

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057792791.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792791.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792791.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792791.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792791.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:75034785`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A2,B1,B139,B45
`Chr2:75034785`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A2,B1,B139,B45
`Chr2:75034829`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	18	A11,A20,A22,B117,B121,B130,B133,B20,B5,B68,B74,B77,B83,B88,C21,C61,C79,C87
`Chr2:75034848`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr2:75034967`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B1
`Chr2:75034993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B27,C1
`Chr2:75034995`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B123,C27
`Chr2:75034999`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B22,B41,C35
`Chr2:75035031`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B45,B48,B69
`Chr2:75035031`	`A`	`AG`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B45,B48,B69
`Chr2:75035403`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B24
`Chr2:75035467`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792791.1

351 aa

176

351

Zip

PF02535 Zip 43-348 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792791.1`	Pfam	`PF02535`	Zip	Family	43	348	1.2e-79	268.7	ZIP Zinc transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936808.1
CAAAAAAGAGTTTATTATGGCGAAACTATTGAAGACCCTTCTCGTCGCCGCCGCGATCATATTGTTCTTGTTTCCGGCGGCGGTGATTGCCGACTGCACCTGCGAGGCGGAGGCGGAGGACCGCAACGAAGCCTTAGCGCTCAAATACAAGCTGGCGGCGCTAGCATCGATTCTGGTGGCGGGCGCGGTCGGCGTGTGCCTCCCCGTGGCGGCGAAGCGGTTTCCGGCGCTGAGCCCGACGAGCAGCCTCTTCTTCGTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009466
ATGGCGAAACTATTGAAGACCCTTCTCGTCGCCGCCGCGATCATATTGTTCTTGTTTCCGGCGGCGGTGATTGCCGACTGCACCTGCGAGGCGGAGGCGGAGGACCGCAACGAAGCCTTAGCGCTCAAATACAAGCTGGCGGCGCTAGCATCGATTCTGGTGGCGGGCGCGGTCGGCGTGTGCCTCCCCGTGGCGGCGAAGCGGTTTCCGGCGCTGAGCCCGACGAGCAGCCTCTTCTTCGTGGTGAAGGCCTTCGCCGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792791.1
MAKLLKTLLVAAAIILFLFPAAVIADCTCEAEAEDRNEALALKYKLAALASILVAGAVGVCLPVAAKRFPALSPTSSLFFVVKAFAGGVILSTGFIHVLPDAFENLTSPCIPEHPWGDFPFTGFVAMVAAIGTLMVESYATSYYTRRANVKEAMKDCCGGDEEMLTVHTHATHGHAHGSVPSEESDSDDAKLLRHRVISQVLELGIIVHSVIIGIALGASQSPKTIKPLIAALSFHQFFEGLGLGGCITQAKFHVRAVII...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器