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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005487

染色体: Chr02 坐标: 75058151-75062300 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005487
名称SmilChr02G005487
描述uncharacterized SmilChr02G005487
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75058151 - 75062300 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009464
GeneID131009464
locus_tag-
NCBI NameLOC131009464
原始查询SmilChr02G005487

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057792785.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057792785.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792787.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792787.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792787.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75060483 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 C14
Chr2:75060483 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 C14
Chr2:75060535 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B34,C10,C39,C67
Chr2:75061075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:75061089 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B140,B56,B96,C8,C81
Chr2:75061125 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,C1,D10
Chr2:75061127 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B59
Chr2:75061127 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B59
Chr2:75061232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B79,C35,C57
Chr2:75061258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B67,B85,C54
Chr2:75061300 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 203 A1,A10,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A5,A7,A8,A9,B1,B100,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B111,B112,B113,B115,B117,B119,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B138,B14,B140,B15,B16,B17,B19,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B34,B35,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B48,B49,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B6,B61,B65,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B73,B74,B75,B76,B78,B79,B8,B80,B82,B85,B87,B9,B91,B93,B95,B96,B97,B98,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C20,C21,C22,C23,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C5,C51,C52,C54,C55,C56,C57,C58,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C67,C68,C69,C7,C71,C72,C73,C74,C75,C78,C79,C8,C80,C82,C83,C84,C85,C86,C9,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D6,D7,D9
Chr2:75061520 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 12 B128,B129,B135,B15,B42,B5,B64,C10,C12,C24,C81,C83

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096443.1
ATGGCCGCAGCCAAGCCTACATATTTGACCCAAAATAAAAAATAAATCAGTTTTTGAACCCTAGTTGAATTGAACCTTTGATTGTATGCAATTTTGACCCAAAAATAAAAATAAATACATCATATTTTCTCTTCGTTTGAACCCTTATTGCACCGCTTCTCCTTTGCAAAGCGCGGCCGCCGCTTCCGCCTCGCTCTGGCATTTCTCTATCGCCATGGATTATGCAGGCAACAGATCGATTATATCTTCCCCTCCCCGAG...
XM_057936805.1
ATGGCCGCAGCCAAGCCTACATATTTGACCCAAAATAAAAAATAAATCAGTTTTTGAACCCTAGTTGAATTGAACCTTTGATTGTATGCAATTTTGACCCAAAAATAAAAATAAATACATCATATTTTCTCTTCGTTTGAACCCTTATTGCACCGCTTCTCCTTTGCAAAGCGCGGCCGCCGCTTCCGCCTCGCTCTGGCATTTCTCTATCGCCATGGATTATGCAGGCAACAGATCGATTATATCTTCCCCTCCCCGAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131009464
ATGGATTATGCAGGCAACAGATCGATTATATCTTCCCCTCCCCGAGTTGGAGACAAGAGCAGCAGCATTGAAGATGATTGTTGTTTGCAAATCGATGGTGGTCGGTATTTGGCAATTGATAGTGGTGGAAATTATTATCTTTCCGACCGCCCCACACCAATTAAAGGCCAAAAAATTCCAAACGAAATGTCAGGTGTTCCTGTTTTTCAAGTAGATCGTGGCGGTGATTATTTTGAGCTCGTCACATTTGGAGTCTTAGC...
LOC131009464
ATGGATTATGCAGGCAACAGATCGATTATATCTTCCCCTCCCCGAGTTGGAGACAAGAGCAGCAGCATTGAAGATGATTGTTGTTTGCAAATCGATGGTGGTCGGTATTTGGCAATTGATAGTGGTGGAAATTATTATCTTTCCGACCGCCCCACACCAATTAAAGGCCAAAAAATTCCAAACGAAATGTCAGGTGTTCCTGTTTTTCAAGTAGATCGTGGCGGTGATTATTTTGAGCTCGTCACATTTGGAGTCTTAGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057792785.1
MDYAGNRSIISSPPRVGDKSSSIEDDCCLQIDGGRYLAIDSGGNYYLSDRPTPIKGQKIPNEMSGVPVFQVDRGGDYFELVTFGVLAGDLRHIWTAGDEILFNELFDLDSEEEILARPVFLPPAVAKYPKMPQKEYVPTAYDQSTTKKHCGPHILCKAPPPLPPRSGIPLTLSIAMHYADNRSIISSPPRVGDNSSSIEDDYCLQIDGGRYLAIDSGGNYYLSDRPQPIKGEQIPSERLGARIFKIDRGGDYFDLVGFGI...
XP_057792786.1
MDYAGNRSIISSPPRVGDKSSSIEDDCCLQIDGGRYLAIDSGGNYYLSDRPTPIKGQKIPNEMSGVPVFQVDRGGDYFELVTFGVLAGDLRHIWTAGDEILFNELFDLDSEEEILARPVFLPPAVAKYPKMPQKEYVPTAYDQSTTKKHCGPHILCKAPPPLPPRSGIPLTLSIAMHYADNRSIISSPPRVGDNSSSIEDDYCLQIDGGRYLAIDSGGNYYLSDRPQPIKGEQIPSERLGARIFKIDRGGDYFDLVGFGI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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