Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005495`

染色体: Chr02 坐标: 75104660-75105923 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005495`
名称	SmilChr02G005495
描述	protein CYSTEINE-RICH TRANSMEMBRANE MODULE 9-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	75104660 - 75105923 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009474`
GeneID	`131009474`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009474`
原始查询	`SmilChr02G005495`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CYSTEINE-RICH TRANSMEMBRANE MODULE 9-like
产物	protein CYSTEINE-RICH TRANSMEMBRANE MODULE 9-like
Arabidopsis	`AT2G32210` (AT2G32210) cysteine-rich/transmembrane domain A-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817780] identity=54.7; qcov=1.01; evalue=2.79e-17; confidence=low
Rice	`Os08g0205800` - identity=52.2; qcov=0.622; evalue=1.48e-06; confidence=low
GO	GO:0005886 (plasma membrane)
KEGG	-
Pfam	PF12734 (CYSTM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009474

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057792802.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792802.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792802.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792802.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792802.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:75105402`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A2
`Chr2:75105437`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B119,B84,C11,C69
`Chr2:75105449`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,B108,C23
`Chr2:75105451`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A6,B5,B55,C23,D2
`Chr2:75105458`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr2:75105500`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B63,B87,C10,C27

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792802.1

74 aa

CYSTM

PF12734 CYSTM 31-74 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792802.1`	Pfam	`PF12734`	CYSTM	Family	31	74	3.4e-10	40.5	Cysteine-rich TM module stress tolerance

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936819.1
AATATAAATTAATAATTTATCATTATCATTAAATCTTTCCTTAGTTGAATTGTGTTTCCCTCTCCGCCTTTTTTTCACGCGGTGTCGCCGCCCTCGAGGTTCCTTCCTCCGCCACATCCAACGCCTATATATACATATACATACACATCTAAATCTTCAACACTCACACACAAATTCTTCCTTTGCCTTTACTGAAAAACTCCTCAATTTTCTCTGCTTATTTTCTCTCTCTACATATCAACATGAGCAACCAGAATCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009474
ATGAGCAACCAGAATCAAGCATATCCACCACCCGCCACCTCATACCCGGCGGAGCCACAGGGCGGCTACATGGCGCCGCCGCCGCCGGCTGGCTACCCGACGAGAGACGGGCAGGCGGAGCAGGCTCCGCCTGCGGCCGCCGACACCCAGTCGAGAGGCGACGGCTTTTGGAAAGGATGTTGTGCTGCCCTTTGTTGTTGCTGTATGTTGGACGCTTGTTTCTAA

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792802.1
MSNQNQAYPPPATSYPAEPQGGYMAPPPPAGYPTRDGQAEQAPPAAADTQSRGDGFWKGCCAALCCCCMLDACF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器