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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005496

染色体: Chr02 坐标: 75121995-75125320 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005496
名称SmilChr02G005496
描述UDP-glycosyltransferase 82A1
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75121995 - 75125320 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009455
GeneID131009455
locus_tag-
NCBI NameLOC131009455
原始查询SmilChr02G005496

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 82A1
产物UDP-glycosyltransferase 82A1
ArabidopsisAT3G22250 (AT3G22250)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821795]
identity=53.3; qcov=1.04; evalue=4.72e-163; confidence=high
RiceOs02g0634100 (OsSTA67)
-
identity=43.8; qcov=0.67; evalue=2.67e-75; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009455

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057792766.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057792766.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792766.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792766.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792766.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75122238 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C35
Chr2:75122288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B2,C2,C68
Chr2:75122327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,D1
Chr2:75122358 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,C17
Chr2:75122446 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B133,B15,C39
Chr2:75122485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C42
Chr2:75122517 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr2:75122518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:75122520 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:75122562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B105,D1
Chr2:75122584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B63,C46
Chr2:75122585 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792766.1
443 aa
N
1
222
443
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 269-410 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792766.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 269 410 9e-25 88.2 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936783.1
TATACATATGCAAGATTCAAGAACTCCTCGAGGAGCTTACCCCCCCCCCCCCCACCCCACCCCCACTCCAAGGCTAATTTGGTAATTTTGCTCCAAGAGGCGAAAAGCTCTCTCAAAATCCCAAAATAGAAAGAAAAAACAAAGAAAAAGAAAAAAGATGAAAGAGAAGAAGAAGATAATTCTAATTCCATATCCGGCACAAGGCCACGTCACCCCCATGCTGAAGCTCGCCGCAGTCATCGCCGGCCTCGGCCGCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009455
ATGAAAGAGAAGAAGAAGATAATTCTAATTCCATATCCGGCACAAGGCCACGTCACCCCCATGCTGAAGCTCGCCGCAGTCATCGCCGGCCTCGGCCGCTTCCAGCCGGTGGTGCTCACGCCGGAGTTCATCCACCGCCGCATCTCGCCGCGGATCCACGGCGTGCTCTGCCTGCCGCTCCCCGACGGGCTGGACGGCGGCACGCCGCCGCCCGATTTCTTCGCCGTGGAGAGGGCCATGGAGGAGGCCATGCCGCCGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792766.1
MKEKKKIILIPYPAQGHVTPMLKLAAVIAGLGRFQPVVLTPEFIHRRISPRIHGVLCLPLPDGLDGGTPPPDFFAVERAMEEAMPPALEELLLREMAGGVACVVADLLASWAVEVARRCGVTVAGFWPAMHATYRLVAAIPHLVRTGVISENGCPRNPSDPISLSSQDPILTTNDLPWLIGSSKARVSRFKFWTRTIERSKTLQFLLVNTFSEGSESIMQQSNKFDSQDSPRILEVGPLIMQAATTSGTTFWEEDTSCLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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