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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005504

染色体: Chr02 坐标: 75169634-75173680 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005504
名称SmilChr02G005504
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g59040-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75169634 - 75173680 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009449
GeneID131009449
locus_tag-
NCBI NameLOC131009449
原始查询SmilChr02G005504

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g59040-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g59040-like
ArabidopsisAT3G59040 (AT3G59040)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825073]
identity=69.8; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0191900
-
identity=64.7; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009449

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057792760.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.40000 XP_057792760.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792760.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792760.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792760.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75169889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C62
Chr2:75169892 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C62
Chr2:75171066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr2:75171091 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B111,B129,B132,B61,C84
Chr2:75171209 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr2:75171217 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C62
Chr2:75171684 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr2:75171872 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C3
Chr2:75172001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B119,C3
Chr2:75172664 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr2:75172690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B101,C85
Chr2:75172718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792760.1
563 aa
N
1
282
563
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR_long
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
TPR_24
PPR_3
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR
C
PF13812 PPR_3 142-187 aa PF01535 PPR 145-170 aa PF13041 PPR_2 173-220 aa PF13812 PPR_3 174-221 aa PF01535 PPR 176-203 aa PF13812 PPR_3 197-243 aa PF17177 PPR_long 231-368 aa PF13812 PPR_3 244-291 aa PF13041 PPR_2 246-290 aa PF01535 PPR 251-279 aa PF13812 PPR_3 302-360 aa PF12854 PPR_1 311-341 aa PF13041 PPR_2 313-361 aa PF01535 PPR 316-346 aa PF01535 PPR 352-381 aa PF13041 PPR_2 352-396 aa PF23276 TPR_24 352-446 aa PF13812 PPR_3 353-397 aa PF13812 PPR_3 372-430 aa PF13041 PPR_2 383-432 aa PF01535 PPR 387-416 aa PF13812 PPR_3 409-468 aa PF01535 PPR 421-451 aa PF01535 PPR 459-486 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792760.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 142 187 7.8e-54 180.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792760.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 145 170 2.8e-50 165.8 PPR repeat
XP_057792760.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 173 220 4.7e-67 222.6 PPR repeat family
XP_057792760.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 174 221 7.8e-54 180.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792760.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 176 203 2.8e-50 165.8 PPR repeat
XP_057792760.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 197 243 7.8e-54 180.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792760.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 231 368 2.1e-23 83.5 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057792760.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 244 291 7.8e-54 180.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792760.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 246 290 4.7e-67 222.6 PPR repeat family
XP_057792760.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 251 279 2.8e-50 165.8 PPR repeat
XP_057792760.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 302 360 7.8e-54 180.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792760.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 311 341 1.6e-41 140.4 PPR repeat
XP_057792760.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 313 361 4.7e-67 222.6 PPR repeat family
XP_057792760.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 316 346 2.8e-50 165.8 PPR repeat
XP_057792760.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 352 381 2.8e-50 165.8 PPR repeat
XP_057792760.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 352 396 4.7e-67 222.6 PPR repeat family
XP_057792760.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 352 446 4.9e-27 95.2 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057792760.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 353 397 7.8e-54 180.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792760.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 372 430 7.8e-54 180.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792760.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 383 432 4.7e-67 222.6 PPR repeat family
XP_057792760.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 387 416 2.8e-50 165.8 PPR repeat
XP_057792760.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 409 468 7.8e-54 180.3 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792760.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 421 451 2.8e-50 165.8 PPR repeat
XP_057792760.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 459 486 2.8e-50 165.8 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936777.1
GTGAGAAGAAAGGGACTGAACTGCAAAAAACTATTTCCCCTTCTTCTTGTAAGCGTAAAATTATCCACATCAAATATCTCAAAAATCAAACCTTTTGCCGAAAAATTCGCAGAGCAATCCCGCTTGCGAAGCCGCGCTCTCTCTGGGTGTGTGTTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTAAAGCTGAGGAAAATTCAAGTAAAGCTATGAGAGCGTTGGAAGACTGAAGAAAAATGCCTCAAACAATAATGTTTTTGAAGCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009449
ATGCCTCAAACAATAATGTTTTTGAAGCCCTTCATTTCTGCTCCATCAGCTTCGCTTTGGAGTGAATCGATTGGCAGCAAGAATGCCATTGATGCGAATATTAGGATATGCAAGAGGGCGGAGGTGGTGTGCTTTGGGATGTTGGCGCCGAGGAAGTTCATGCAGAGGAGGAGGAAAGTCGAGGTCTTCAAGGATGCTGCGGATGAAGCTGATCAGAAGAACTGGAGGAAGCTAATGCTCGAAATGGAGGAATCCGACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792760.1
MPQTIMFLKPFISAPSASLWSESIGSKNAIDANIRICKRAEVVCFGMLAPRKFMQRRRKVEVFKDAADEADQKNWRKLMLEMEESDSAVEVLKSRRAKNQALPKDVVVGTLVRFKQLKKWNLVSEILEWLRTQHWWDFKEMDFLMLITAYGKLGNFTKAERIMNYMIKNGYPPHVVSYTGLMEAYGKGGQYSQAEAIFRRMQSTGPEPSAVTYQIILKTFVEGNKFKEAEEIFETLLDEKVSPLKPDQKMFHMLIYMYKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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