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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005539

染色体: Chr02 坐标: 75413636-75416847 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005539
名称SmilChr02G005539
描述uncharacterized SmilChr02G005539
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75413636 - 75416847 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009502
GeneID131009502
locus_tag-
NCBI NameLOC131009502
原始查询SmilChr02G005539

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0706500; species=rice; confidence=low
产物hit=Os01g0706500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs01g0706500
-
identity=41; qcov=0.391; evalue=1.31e-06; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009502

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057792857.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057792857.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792857.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792857.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792857.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75414984 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B76,C29
Chr2:75415834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B45
Chr2:75415851 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr2:75415874 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr2:75415899 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B35,B74
Chr2:75415899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B74
Chr2:75415905 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr2:75415912 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B76,C29,D4
Chr2:75415932 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 169 A11,A16,A19,A2,A21,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B101,B103,B104,B108,B109,B11,B111,B114,B115,B118,B12,B120,B121,B127,B128,B129,B13,B130,B133,B134,B136,B137,B138,B2,B20,B22,B23,B24,B27,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B66,B68,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B85,B86,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B98,B99,C1,C11,C12,C14,C15,C16,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C54,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C72,C73,C74,C75,C8,C80,C81,C83,C84,C85,C86,D1,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
Chr2:75415939 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B124,B76
Chr2:75415944 TCC T 2bp_deletion frameshift_variant 29 A16,A2,A20,A24,B10,B100,B103,B109,B110,B117,B127,B137,B25,B39,B40,B45,B5,B55,B83,C12,C30,C38,C51,C54,C58,C67,C76,C78,D8
Chr2:75416100 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 17 A3,A7,B110,B118,B121,B126,B137,B21,B24,B29,B35,B77,C20,C25,C3,C34,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XR_009096451.1
TCCCACGATTTTCTCAGTTTAATTGATATCAAACTTTCTCCCGTCTCCATATTCATTTTCAATCTGTACTTTGAAATCTACTCCAATTCTGCAGAAACCGAATTATAAAAAAGAAATCATCAAAACTTCATAACCCTTTTTCCTCACTCTTATCTCATCCTCTTATTCCACCACTGCCTCGATTCACCCCATCACTCTGCTCGATGTTTGCTCATCAAAGTATAATGAAAACTCAGCCACCATTCACTGAGATTAGGGAG...
XR_009096450.1
CCACGATTTTCTCAGTTTAATTGATATCAAACTTTCTCCCGTCTCCATATTCATTTTCAATCTGTACTTTGAAATCTACTCCAATTCTGCAGAAACCGAATTATAAAAAAGAAATCATCAAAACTTCATAACCCTTTTTCCTCACTCTTATCTCATCCTCTTATTCCACCACTGCCTCGATTCACCCCATCACTCTGCTCGATGTTTGCTCATCAAAGTATAATGAAAACTCAGCCACCATTCACTGAGATTAGGGAGAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131009502
ATGAGAAATGAGATTTCTCCCCCACCTATTATCAGCAACCTAATTGCAAAAGAATATACCCAAACTTCGAACCCTTTTCCTCACCCAATTCTCCTCTTTTGCCAATTCTACCACCACATGGGCGACCCGTTCTCTGACGGAGACTCATCTGTCATTTGTTCATCAAAATCTGATGGAGATGCAATCGCCGCCTTTGCCGCGCCGCCTCGAACTAACGTCGCCCAAAACTCAGGCTGGCCTACGGCCTCGCGCCGCCTCCA...
LOC131009502
ATGAGAAATGAGATTTCTCCCCCACCTATTATCAGCAACCTAATTGCAAAAGAATATACCCAAACTTCGAACCCTTTTCCTCACCCAATTCTCCTCTTTTGCCAATTCTACCACCACATGGGCGACCCGTTCTCTGACGGAGACTCATCTGTCATTTGTTCATCAAAATCTGATGGAGATGCAATCGCCGCCTTTGCCGCGCCGCCTCGAACTAACGTCGCCCAAAACTCAGGCTGGCCTACGGCCTCGCGCCGCCTCCA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057792857.1
MRNEISPPPIISNLIAKEYTQTSNPFPHPILLFCQFYHHMGDPFSDGDSSVICSSKSDGDAIAAFAAPPRTNVAQNSGWPTASRRLQSARANLPGAILFLIDGDGSWAADMGDRKNQFASGEAIREWNHKCEFSKEPNNLYNLHFYKHSGNSLILI
XP_057792858.1
MRNEISPPPIISNLIAKEYTQTSNPFPHPILLFCQFYHHMGDPFSDGDSSVICSSKSDGDAIAAFAAPPRTNVAQNSGWPTASRRLQSARANLPGAILFLIDGDGSWAADMGDRKNQFASGEAIREWNHKCEFSKEPNNLYNLHFYKHSGNSLILI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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