当前解析结果
SmilChr02G005539| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005539 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005539 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G005539 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 75413636 - 75416847 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009502 |
|---|---|
| GeneID | 131009502 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009502 |
| 原始查询 | SmilChr02G005539 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0706500; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os01g0706500; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os01g0706500- identity=41; qcov=0.391; evalue=1.31e-06; confidence=low |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009502 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057792857.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057792857.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792857.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057792857.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057792857.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:75414984 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B41,B76,C29 |
Chr2:75415834 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B45 |
Chr2:75415851 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B27 |
Chr2:75415874 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
Chr2:75415899 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B35,B74 |
Chr2:75415899 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,B74 |
Chr2:75415905 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B107 |
Chr2:75415912 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B76,C29,D4 |
Chr2:75415932 |
G |
GTC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 169 | A11,A16,A19,A2,A21,A23,A25,A3,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B1,B101,B103,B104,B108,B109,B11,B111,B114,B115,B118,B12,B120,B121,B127,B128,B129,B13,B130,B133,B134,B136,B137,B138,B2,B20,B22,B23,B24,B27,B31,B32,B33,B34,B36,B37,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B52,B53,B55,B56,B57,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B66,B68,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B85,B86,B90,B91,B92,B94,B95,B96,B98,B99,C1,C11,C12,C14,C15,C16,C2,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C39,C4,C40,C41,C42,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C54,C58,C59,C6,C60,C62,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C72,C73,C74,C75,C8,C80,C81,C83,C84,C85,C86,D1,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9 |
Chr2:75415939 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B124,B76 |
Chr2:75415944 |
TCC |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 29 | A16,A2,A20,A24,B10,B100,B103,B109,B110,B117,B127,B137,B25,B39,B40,B45,B5,B55,B83,C12,C30,C38,C51,C54,C58,C67,C76,C78,D8 |
Chr2:75416100 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 17 | A3,A7,B110,B118,B121,B126,B137,B21,B24,B29,B35,B77,C20,C25,C3,C34,C67 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
5 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。