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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005544

染色体: Chr02 坐标: 75441220-75444817 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005544
名称SmilChr02G005544
描述uncharacterized SmilChr02G005544
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75441220 - 75444817 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009505
GeneID131009505
locus_tag-
NCBI NameLOC131009505
原始查询SmilChr02G005544

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os05g0511000; species=rice; confidence=high
产物hit=Os05g0511000; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT1G31300 (AT1G31300)
TRAM, LAG1 and CLN8 (TLC) lipid-sensing domain containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840018]
identity=57.8; qcov=1; evalue=1.69e-112; confidence=high
RiceOs05g0511000
-
identity=58.3; qcov=0.971; evalue=1.84e-113; confidence=high
GOGO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0016020 (membrane); GO:0055088 (lipid homeostasis)
KEGG-
PfamPF03798 (TRAM_LAG1_CLN8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009505

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057792865.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057792865.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792865.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792865.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792865.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75441561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr2:75441565 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr2:75441577 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr2:75442161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,C14,C42,C55
Chr2:75442284 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,B91
Chr2:75442463 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C72
Chr2:75442484 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr2:75442832 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B10,C26,C55
Chr2:75442833 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr2:75442852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr2:75442871 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr2:75442889 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792865.1
274 aa
N
1
137
274
TRAM_LAG1_CLN8
C
PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 72-265 aa
XP_057792866.1
274 aa
N
1
137
274
TRAM_LAG1_CLN8
C
PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 72-265 aa
XP_057792867.1
274 aa
N
1
137
274
TRAM_LAG1_CLN8
C
PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 72-265 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792865.1 Pfam PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 Domain 72 265 1.2e-30 107.7 TLC domain
XP_057792866.1 Pfam PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 Domain 72 265 1.2e-30 107.7 TLC domain
XP_057792867.1 Pfam PF03798 TRAM_LAG1_CLN8 Domain 72 265 1.2e-30 107.7 TLC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936883.1
TCATGATTTTGTGTAAGCAAATTGAATGAGGAAGAAATCGCATTGAATTCATATCGTGCCTCCTGAGACAAAGACACACACACACACAAAAAAAAAAGAATTAAAAATAAAATAAAATAAAATAAGAAAACTGCACGCGGTTCTCTTATCTTATAATCCTCTCAGATTAGATTCTGTCGTTTTTCATCATTTATCTGGATCACAACTGAGGCTATGCTGTGATGCTGTCAACTGCAAGCACTACTATGTTGGTTAAATCT...
XM_057936882.1
TCATGATTTTGTGTAAGCAAATTGAATGAGGAAGAAATCGCATTGAATTCATATCGTGCCTCCTGAGACAAAGACACACACACACACAAAAAAAAAAGAATTAAAAATAAAATAAAATAAAATAAGAAAACTGCACGCGGTTCTCTTATCTTATAATCCTCTCAGATTAGATTCTGTCGTTTTTCATCATTTATCTGTATGTTTTTTCTGCCACCTTCTCGAATTTTCAACTTTCCTGGGATCACAACTGAGGCTATGCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131009505
ATGCTGTCAACTGCAAGCACTACTATGTTGGTTAAATCTTACCTAAACCAAGCTGAGCTGCTTCTCAAGGACTATGTCTCTGCTGATCTCTTCGTCGTCTACACTTCTATAATCATCGGAATCTTCGCCTGCAAAACGGTGTACGAACTTAGCCAGCTTATTAGCCCCGTTTACTTCAAAAGCTATTCGAATCTCACAAAGGGCATTCAACTCGAATGGAGCAACCGAGCCATGTCGACGTTTCATGCCATGTACATTGC...
LOC131009505
ATGCTGTCAACTGCAAGCACTACTATGTTGGTTAAATCTTACCTAAACCAAGCTGAGCTGCTTCTCAAGGACTATGTCTCTGCTGATCTCTTCGTCGTCTACACTTCTATAATCATCGGAATCTTCGCCTGCAAAACGGTGTACGAACTTAGCCAGCTTATTAGCCCCGTTTACTTCAAAAGCTATTCGAATCTCACAAAGGGCATTCAACTCGAATGGAGCAACCGAGCCATGTCGACGTTTCATGCCATGTACATTGC...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057792865.1
MLSTASTTMLVKSYLNQAELLLKDYVSADLFVVYTSIIIGIFACKTVYELSQLISPVYFKSYSNLTKGIQLEWSNRAMSTFHAMYIATMSLYFVLWSDLFVNDPQRGPVTLRSSTISVSALGVSVGYFLSDLSMIIWRYPSLGGMEYVVHHLLSLVSVAYAMLTGEAQIYTYMVLISEATTPSVNLRWYLDAAGMKRSKVYTINGVVIFLAWLVARILLFIYLFWHSYLYYDQVKQIHEIGVVMVHAVPTVLSVMNLYWF...
XP_057792866.1
MLSTASTTMLVKSYLNQAELLLKDYVSADLFVVYTSIIIGIFACKTVYELSQLISPVYFKSYSNLTKGIQLEWSNRAMSTFHAMYIATMSLYFVLWSDLFVNDPQRGPVTLRSSTISVSALGVSVGYFLSDLSMIIWRYPSLGGMEYVVHHLLSLVSVAYAMLTGEAQIYTYMVLISEATTPSVNLRWYLDAAGMKRSKVYTINGVVIFLAWLVARILLFIYLFWHSYLYYDQVKQIHEIGVVMVHAVPTVLSVMNLYWF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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