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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005555

染色体: Chr02 坐标: 75510048-75514224 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005555
名称SmilChr02G005555
描述zinc finger protein CONSTANS-LIKE 9-like
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75510048 - 75514224 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009517
GeneID131009517
locus_tag-
NCBI NameLOC131009517
原始查询SmilChr02G005555

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger protein CONSTANS-LIKE 9-like
产物zinc finger protein CONSTANS-LIKE 9-like
ArabidopsisAT3G07650 (COL9)
CONSTANS-like 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819956]
identity=48; qcov=1.1; evalue=1.96e-121; confidence=high
RiceOs06g0298200 (OsBBX19)
-
identity=48.4; qcov=1.13; evalue=9.06e-110; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF06203 (CCT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009517

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792889.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792889.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792889.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792889.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057792889.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75510717 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B138,B56,B96,D7
Chr2:75510768 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr2:75511104 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr2:75511216 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B105,B47,B73,C20
Chr2:75511297 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,C30
Chr2:75511298 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr2:75511675 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr2:75511732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,C14,C2,C42
Chr2:75512243 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr2:75512252 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A4,B82
Chr2:75512278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B120
Chr2:75512288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792889.1
403 aa
N
1
202
403
CCT
C
PF06203 CCT 346-388 aa
XP_057792890.1
403 aa
N
1
202
403
CCT
C
PF06203 CCT 346-388 aa
XP_057792891.1
366 aa
N
1
183
366
CCT
C
PF06203 CCT 309-351 aa
XP_057792892.1
366 aa
N
1
183
366
CCT
C
PF06203 CCT 309-351 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792889.1 Pfam PF06203 CCT Motif 346 388 4e-17 62.7 CCT motif
XP_057792890.1 Pfam PF06203 CCT Motif 346 388 4e-17 62.7 CCT motif
XP_057792891.1 Pfam PF06203 CCT Motif 309 351 3.7e-17 62.8 CCT motif
XP_057792892.1 Pfam PF06203 CCT Motif 309 351 3.7e-17 62.8 CCT motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936909.1
CCCTTTCTTCTTCAACTACACTTTCTCTCTCCTCTCTCCTGCACTTTTTATCACTTTTCCCATTAATTTATTCACCTTCTCTCAAACAACTCAGCCCCCAAAATCCCAATCTTTTTCTGCTCAGAGAGAGAGAGGGCGCAATTCCTTCGAGAAAGATAGTGTTATATATCCAATCGTGGAGCATTGCCCAAGTTCATCGTGATTCTCTAGAGTACCTGGTTTCTGGGGCCGAATAAGTTGTTAGACGAAACTGTCCAAAT...
XM_057936907.1
CCCTTTCTTCTTCAACTACACTTTCTCTCTCCTCTCTCCTGCACTTTTTATCACTTTTCCCATTAATTTATTCACCTTCTCTCAAACAACTCAGCCCCCAAAATCCCAATCTTTTTCTGCTCAGAGAGAGAGAGGGCGCAATTCCTTCGAGAAAGATAGTGTTATATATCCAATCGTGGAGCATTGCCCAAGTTCATCGTGATTCTCTAGAGTACCTGGTTTCTGGGGCCGAATAAGTTGTTAGACGAAACTGTCCAAAT...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131009517
ATGGGTTATCTTTGTGATTTCTGTGGGGAGCAAAGATCCATAGTGTTCTGTCGGTCTGATGCAGCTAGTTTATGTTTGTCTTGTGACTGCACTGTCCATTCTGCAAATGCCCTCTCTAGGCGTCACTCGAGGACACTTGTTTGTGAAAGATGCAATTCTCAGCCAGCTTTTGTTCGATGCATCGAGGAGAAGGCATCACTTTGCCAGAATTGTGATTGGATGGGACATGTTAACTCAAATGTAAGTCCTGCACATAAGAG...
LOC131009517
ATGGGTTATCTTTGTGATTTCTGTGGGGAGCAAAGATCCATAGTGTTCTGTCGGTCTGATGCAGCTAGTTTATGTTTGTCTTGTGACTGCACTGTCCATTCTGCAAATGCCCTCTCTAGGCGTCACTCGAGGACACTTGTTTGTGAAAGATGCAATTCTCAGCCAGCTTTTGTTCGATGCATCGAGGAGAAGGCATCACTTTGCCAGAATTGTGATTGGATGGGACATGTTAACTCAAATGTAAGTCCTGCACATAAGAG...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057792889.1
MGYLCDFCGEQRSIVFCRSDAASLCLSCDCTVHSANALSRRHSRTLVCERCNSQPAFVRCIEEKASLCQNCDWMGHVNSNVSPAHKRQPVNSYSDCPSASELSAVWPFLFNSPPVGDAACEQEMGSMSINDKRTIDRQDPQEKANIQNESLRVEASSQLNMDLDKSAGWMESLNPLDQPTASTSSSMLKAPLSAAKGRALYEDDGCYDNLNMDEIDLGFDNYDELFGMALDNPKNIFGNDGIFGMKDMSTSNCQGASAAE...
XP_057792890.1
MGYLCDFCGEQRSIVFCRSDAASLCLSCDCTVHSANALSRRHSRTLVCERCNSQPAFVRCIEEKASLCQNCDWMGHVNSNVSPAHKRQPVNSYSDCPSASELSAVWPFLFNSPPVGDAACEQEMGSMSINDKRTIDRQDPQEKANIQNESLRVEASSQLNMDLDKSAGWMESLNPLDQPTASTSSSMLKAPLSAAKGRALYEDDGCYDNLNMDEIDLGFDNYDELFGMALDNPKNIFGNDGIFGMKDMSTSNCQGASAAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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