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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005556

染色体: Chr02 坐标: 75515962-75517432 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005556
名称SmilChr02G005556
描述uncharacterized SmilChr02G005556
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75515962 - 75517432 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131010030
GeneID131010030
locus_tag-
NCBI NameLOC131010030
原始查询SmilChr02G005556

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=35.9; qcov=0.483; evalue=3.93e-41; confidence=medium
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131010030

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057793406.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057793406.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057793406.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057793406.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057793406.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75515986 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A9,C86
Chr2:75516028 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,D8
Chr2:75516049 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,C2
Chr2:75516098 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,A20,B86,C63
Chr2:75516100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr2:75516141 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B86,C63
Chr2:75516225 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C14
Chr2:75516228 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B3,B34,B44,B66,C86
Chr2:75516263 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B10,B49,C12,C59
Chr2:75516270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B45,D3
Chr2:75516287 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B22,B42,B43
Chr2:75516287 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B22,B42,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057937423.1
ATGACTACACAAGAAAGGCAGTCTGCACTTCTTTTTCTTTTAGAGGGCAGCAAAAATGGCAAAGCAGCAAGGGGAAAGATGAAGGCAGCTTGTGTGAAGTTCTCGAAGAGTCGCCGCACCATTAGTCGTCTTTGGGCTGAAGCAACAAACCAAAAAAATGAAGGTAAACAAGTTTATTTGCAAAGTGCAAAGATTGGAAACAAAAACAGACCAAAAATAGTGCATATTGACATGGAACTCATCACAAGCCTAGAGCTGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131010030
ATGACTACACAAGAAAGGCAGTCTGCACTTCTTTTTCTTTTAGAGGGCAGCAAAAATGGCAAAGCAGCAAGGGGAAAGATGAAGGCAGCTTGTGTGAAGTTCTCGAAGAGTCGCCGCACCATTAGTCGTCTTTGGGCTGAAGCAACAAACCAAAAAAATGAAGGTAAACAAGTTTATTTGCAAAGTGCAAAGATTGGAAACAAAAACAGACCAAAAATAGTGCATATTGACATGGAACTCATCACAAGCCTAGAGCTGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057793406.1
MTTQERQSALLFLLEGSKNGKAARGKMKAACVKFSKSRRTISRLWAEATNQKNEGKQVYLQSAKIGNKNRPKIVHIDMELITSLELKKRSTIRRLAQGIGCSKSTVGRWIARGLIKAHTSAIRPDLTAPNKLLRLRFSLEAIELDRIMNVLRFKSMHNTVHIDEKWFYMTKGMHRFYLAPGETEPHRTCKSKKFITKVMFMCAVCRPIFNEDGSVLFDGKIGIFPFTHQLPAQRGSKNRPAGTWETKPIQSVTKEVVRDC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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