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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005560

染色体: Chr02 坐标: 75540696-75543068 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005560
名称SmilChr02G005560
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75540696 - 75543068 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009523
GeneID131009523
locus_tag-
NCBI NameLOC131009523
原始查询SmilChr02G005560

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22410%2C mitochondrial
ArabidopsisAT2G22410 (SLO1)
SLOW GROWTH 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816772]
identity=59.8; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0400250
-
identity=51.6; qcov=0.925; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20430 (Eplus_motif); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009523

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792902.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057792902.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792902.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792902.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792902.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75541020 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 B136,B20,C79
Chr2:75541020 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 B136,B20,C79
Chr2:75541072 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr2:75541189 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B41
Chr2:75541189 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B41
Chr2:75541312 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,C13,C8,C82,C83
Chr2:75541318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B104,C13,C8,C82,C83
Chr2:75541325 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B11,B95,C37
Chr2:75541359 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr2:75541466 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,C13,C8,C82
Chr2:75541531 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr2:75541590 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792902.1
670 aa
N
1
335
670
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
PPR
Eplus_motif
C
PF01535 PPR 113-139 aa PF13041 PPR_2 211-253 aa PF01535 PPR 213-239 aa PF01535 PPR 286-311 aa PF12854 PPR_1 312-339 aa PF01535 PPR 314-342 aa PF13812 PPR_3 343-390 aa PF13041 PPR_2 343-391 aa PF01535 PPR 347-374 aa PF01535 PPR 419-442 aa PF13812 PPR_3 445-491 aa PF13041 PPR_2 445-493 aa PF01535 PPR 448-476 aa PF01535 PPR 482-509 aa PF01535 PPR 519-544 aa PF20431 E_motif 562-624 aa PF01535 PPR 586-614 aa PF20430 Eplus_motif 631-654 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 113 139 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 211 253 5.7e-71 235.2 PPR repeat family
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 213 239 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 286 311 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 312 339 1.9e-40 137.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 314 342 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 343 390 5.2e-24 84.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792902.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 343 391 5.7e-71 235.2 PPR repeat family
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 347 374 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 419 442 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 445 491 5.2e-24 84.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057792902.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 445 493 5.7e-71 235.2 PPR repeat family
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 448 476 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 482 509 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 519 544 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 562 624 6e-18 65.6 E motif
XP_057792902.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 586 614 5e-72 234.0 PPR repeat
XP_057792902.1 Pfam PF20430 Eplus_motif Motif 631 654 5e-06 26.9 E+ motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936919.1
CGCCGCGCCGCCGGCGAGGTAGAAGGCAGGCATTTTGGATGTGTGTGTTGTGCGTGTAATGCTGTTCCGCTTCATCCATAGCCGGCAACAATGGCGTTCCCTCAAATTCCGTCATCTTCACACACTCTCTCTCCCACCCACAGCTAACAAACCCCCCAATTCTAACTGGAACACAACCCACAGATTCGTGCTCTCAAATCCCACTCTCTCTCTTCTGGAGGCCAAATGCAAATCCATTTCCCACCTCAAGCAAATCCAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009523
ATGCTGTTCCGCTTCATCCATAGCCGGCAACAATGGCGTTCCCTCAAATTCCGTCATCTTCACACACTCTCTCTCCCACCCACAGCTAACAAACCCCCCAATTCTAACTGGAACACAACCCACAGATTCGTGCTCTCAAATCCCACTCTCTCTCTTCTGGAGGCCAAATGCAAATCCATTTCCCACCTCAAGCAAATCCAGTCGCAAATGCTCGTCACCGGCCTCGCCCTCGACGCCCTCGCCTACAGCCGCTTGGTGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792902.1
MLFRFIHSRQQWRSLKFRHLHTLSLPPTANKPPNSNWNTTHRFVLSNPTLSLLEAKCKSISHLKQIQSQMLVTGLALDALAYSRLVTFSALSQTGDLRYSKRLLFAMPNPNAFSWNVVIRAIVESRCPFEALILYKKMLVFVRPDNYTFPLLFKVCAKFLLSRLGRGILGHAAKMNYDGDTYVRNALIHFLAACGELEAAHQVFDESRVRDLVSWNSLINGYVKSGRGEEALRVYGGMENVVDPDEVTMIGVVMACAQLQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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