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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005562

染色体: Chr02 坐标: 75549455-75554805 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005562
名称SmilChr02G005562
描述rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2C
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75549455 - 75554805 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009524
GeneID131009524
locus_tag-
NCBI NameLOC131009524
原始查询SmilChr02G005562

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2C
产物rRNA (cytosine-C(5))-methyltransferase NOP2C
ArabidopsisAT1G06560 (AT1G06560)
NOL1/NOP2/sun family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837167]
identity=62.3; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0365900 (OJ1484_G09.128)
-
identity=64.6; qcov=0.968; evalue=0; confidence=high
GOGO:0001510 (RNA methylation); GO:0003723 (RNA binding); GO:0008168 (methyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF01189 (Methyltr_RsmB-F)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009524

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057792904.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057792903.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057792903.1
4 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057792903.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792904.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75549494 AAG A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B30,C8
Chr2:75549494 AAG A 2bp_deletion CDS_variant 2 B30,C8
Chr2:75549498 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 1 B113
Chr2:75549498 G GA 1bp_insertion CDS_variant 1 B113
Chr2:75549508 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C63,C67,C74
Chr2:75549559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr2:75549571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,B14,B53
Chr2:75549758 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C37
Chr2:75549786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr2:75550353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B101,C29
Chr2:75550354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr2:75550506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792903.1
597 aa
N
1
298
597
Methyltr_RsmB-F
Methyltr_RsmB-F
C
PF01189 Methyltr_RsmB-F 298-370 aa PF01189 Methyltr_RsmB-F 454-539 aa
XP_057792904.1
596 aa
N
1
298
596
Methyltr_RsmB-F
Methyltr_RsmB-F
C
PF01189 Methyltr_RsmB-F 298-370 aa PF01189 Methyltr_RsmB-F 453-538 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792903.1 Pfam PF01189 Methyltr_RsmB-F Domain 298 370 3.4e-37 128.8 16S rRNA methyltransferase RsmB/F
XP_057792903.1 Pfam PF01189 Methyltr_RsmB-F Domain 454 539 3.4e-37 128.8 16S rRNA methyltransferase RsmB/F
XP_057792904.1 Pfam PF01189 Methyltr_RsmB-F Domain 298 370 3.5e-37 128.7 16S rRNA methyltransferase RsmB/F
XP_057792904.1 Pfam PF01189 Methyltr_RsmB-F Domain 453 538 3.5e-37 128.7 16S rRNA methyltransferase RsmB/F

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936920.1
GGCCGAAGTCAAAAATTTGGGAGGAAAAAAAGTTGAATGAAGAGAGAGAGAGCGTTTCTCAAAACCCTCTGCAGAACTCTCTCCTCTCTCCACCACCATAAACCCTTAATTCCCAAGATGGATCCATCGGAACGATATTGTTACAATCCGACATTGCGCTGGAATCCTCAAGTGGAAGAGTATTTCGTCAAAGCCTATGGAGCTGATCATTTCGCTCGAATTTCCAAGGCCCTCACGCAGCCATCGTGTTACTCTTGTAT...
XM_057936921.1
GGCCGAAGTCAAAAATTTGGGAGGAAAAAAAGTTGAATGAAGAGAGAGAGAGCGTTTCTCAAAACCCTCTGCAGAACTCTCTCCTCTCTCCACCACCATAAACCCTTAATTCCCAAGATGGATCCATCGGAACGATATTGTTACAATCCGACATTGCGCTGGAATCCTCAAGTGGAAGAGTATTTCGTCAAAGCCTATGGAGCTGATCATTTCGCTCGAATTTCCAAGGCCCTCACGCAGCCATCGTGTTACTCTTGTAT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131009524
ATGAAGAGAGAGAGAGCGTTTCTCAAAACCCTCTGCAGAACTCTCTCCTCTCTCCACCACCATAAACCCTTAATTCCCAAGATGGATCCATCGGAACGATATTGTTACAATCCGACATTGCGCTGGAATCCTCAAGTGGAAGAGTATTTCGTCAAAGCCTATGGAGCTGATCATTTCGCTCGAATTTCCAAGGCCCTCACGCAGCCATCGTGTTACTCTTGTATTCGAGTGAATACACTTAAGTCAACAAGTGACTCTGT...
LOC131009524
ATGAAGAGAGAGAGAGCGTTTCTCAAAACCCTCTGCAGAACTCTCTCCTCTCTCCACCACCATAAACCCTTAATTCCCAAGATGGATCCATCGGAACGATATTGTTACAATCCGACATTGCGCTGGAATCCTCAAGTGGAAGAGTATTTCGTCAAAGCCTATGGAGCTGATCATTTCGCTCGAATTTCCAAGGCCCTCACGCAGCCATCGTGTTACTCTTGTATTCGAGTGAATACACTTAAGTCAACAAGTGACTCTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057792903.1
MKRERAFLKTLCRTLSSLHHHKPLIPKMDPSERYCYNPTLRWNPQVEEYFVKAYGADHFARISKALTQPSCYSCIRVNTLKSTSDSVIKKLCSLLQENGWQSDPSKGTNAIHSSDGIATEPDGLPDASVKNSFISKCKIPCLDYVIFVQGSGPHTIDYGYKEDKPPKEVIVSRKCAEAVLRGAHVYVPGVLACSAHVEKGEQVAVSVAVEQPGADGGWGVGFTRGTVLQGSQTDPFYFERNGLYIGQGVSMMSRAGMFRV...
XP_057792904.1
MKRERAFLKTLCRTLSSLHHHKPLIPKMDPSERYCYNPTLRWNPQVEEYFVKAYGADHFARISKALTQPSCYSCIRVNTLKSTSDSVIKKLCSLLQENGWQSDPSKGTNAIHSSDGIATEPDGLPDASVKNSFISKCKIPCLDYVIFVQGSGPHTIDYGYKEDKPPKEVIVSRKCAEAVLRGAHVYVPGVLACSAHVEKGEQVAVSVAVEQPGADGGWGVGFTRGTVLQGSQTDPFYFERNGLYIGQGVSMMSRAGMFRV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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