Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005570`

染色体: Chr02 坐标: 75592284-75597179 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005570`
名称	SmilChr02G005570
描述	protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 7, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	75592284 - 75597179 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009522`
GeneID	`131009522`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009522`
原始查询	`SmilChr02G005570`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 7, chloroplastic-like
产物	protein ACTIVITY OF BC1 COMPLEX KINASE 7%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT3G07700` (AT3G07700) Protein kinase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819961] identity=71.9; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os09g0250700` - identity=69.9; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0046467 (GO:0046467); GO:1901031 (regulation of response to reactive oxygen species)
KEGG	-
Pfam	PF03109 (ABC1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009522

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057792900.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057792900.1`
3	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.60000	`XP_057792900.1`
4	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.40000	`XP_057792900.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792900.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:75592741`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:75592746`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr2:75592779`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B45,C60,D11,D6
`Chr2:75592920`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,C25
`Chr2:75593299`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C14,C42
`Chr2:75593479`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A11
`Chr2:75593479`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A11
`Chr2:75594118`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B124,B93,B99,C15
`Chr2:75594181`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr2:75594406`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B118,B12,B55
`Chr2:75594861`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A22,B100,B110,C25,C34
`Chr2:75594997`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792900.1

677 aa

338

677

ABC1

PF03109 ABC1 208-453 aa

XP_057792901.1

677 aa

338

677

ABC1

PF03109 ABC1 208-453 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792900.1`	Pfam	`PF03109`	ABC1	Domain	208	453	7.6e-86	288.0	ABC1 atypical kinase-like domain
`XP_057792901.1`	Pfam	`PF03109`	ABC1	Domain	208	453	7.6e-86	288.0	ABC1 atypical kinase-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936918.1
TGTTTTGGTGTGTTTCAATATTTTTCACTAATTTTCACCAAAAAAAAAAAGCTGGTCCACCCAAAATCAAGAATTGGGTGATAAAAAATAATGGGGAAAAAGGAAAAACCAGAATTGGGTAGTATCACTTTCAAGACTTATAGTAGTTCATAACGTAAAAGAATCAAAAATTGATGCATCGTCAATCAAGATTTGGACTTTCACCACACATGAGGAGCACATCACAACACGTCAGACACAATTTCACAGCCCAATTTCAG...

XM_057936917.1
GAAAAACCAGAATTGGGTAGTATCACTTTCAAGACTTATAGTAGTTCATAACGTAAAAGAATCAAAAATTGATGCATCGTCAATCAAGATTTGGACTTTCACCACACATGAGGAGCACATCACAACACGTCAGACACAATTTCACAGCCCAATTTCAGGTGTGGGCTGCTCTTTTTCTTGTCTTCAGCTGCATAATATCTATATAATTTCATGGTGGTGCTTTTCTTTCAACAAAATCTTGCAGAAATTTGAGTTGGGAG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC131009522
ATGGCTGCAATTCTAGCTTCCTTTAGCTGTCAAGGAAGATCAGGAGATGATCTTAGTTTCTCAGGGAACATATCAAACTACGACCAATCAAGAATCGACAGAGATGTTGTCAAAACCAGAAGAAAGCTCCGTAGTTTGCAGGTCGCGATGGAGTTATCCACAAACGGGCGAGCAACCAAAATGGTGAAGGAGAAATCGGTGTCCATTAGTTCATCACGGGGTGTGAATGGATCTGCGAAGAATGTTAATGGTGGAGTGCT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057792900.1
MAAILASFSCQGRSGDDLSFSGNISNYDQSRIDRDVVKTRRKLRSLQVAMELSTNGRATKMVKEKSVSISSSRGVNGSAKNVNGGVLVKRDPAPRTPKANELPPIEGLKVLPSDEGFSWANENYNSVQRSIDVWSFVLSLRARVFLDNAKWTYIGGFSEEKQVGRRRKTASWLRECVLQLGPTFIKLGQLSSTRSDLFPKEFVDELAKLQDRVPAFSPSKAKGFIEKELGAPLYMLYKEFEDLPIAAASLGQVHRAILHN...

XP_057792901.1
MAAILASFSCQGRSGDDLSFSGNISNYDQSRIDRDVVKTRRKLRSLQVAMELSTNGRATKMVKEKSVSISSSRGVNGSAKNVNGGVLVKRDPAPRTPKANELPPIEGLKVLPSDEGFSWANENYNSVQRSIDVWSFVLSLRARVFLDNAKWTYIGGFSEEKQVGRRRKTASWLRECVLQLGPTFIKLGQLSSTRSDLFPKEFVDELAKLQDRVPAFSPSKAKGFIEKELGAPLYMLYKEFEDLPIAAASLGQVHRAILHN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器