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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005574

染色体: Chr02 坐标: 75608762-75610806 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005574
名称SmilChr02G005574
描述uncharacterized SmilChr02G005574
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75608762 - 75610806 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009538
GeneID131009538
locus_tag-
NCBI NameLOC131009538
原始查询SmilChr02G005574

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009538

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057792919.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057792919.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057792919.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792919.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792919.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75608905 A ATT 2bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 3 B50,C14,C42
Chr2:75608905 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 3 B50,C14,C42
Chr2:75608971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:75609018 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B23,B79,C25,D11
Chr2:75609029 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 79 A11,A16,A21,A22,A9,B1,B100,B102,B105,B11,B110,B111,B120,B121,B123,B125,B128,B129,B13,B131,B133,B136,B139,B16,B2,B21,B23,B26,B32,B34,B35,B37,B4,B40,B42,B46,B48,B50,B64,B67,B68,B7,B70,B73,B74,B75,B76,B77,B82,B88,B91,B95,B97,B99,C21,C22,C24,C34,C35,C39,C40,C44,C47,C5,C55,C57,C6,C60,C64,C67,C69,C7,C74,C81,C83,C84,C87,D3,D9
Chr2:75609049 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 55 A11,A16,A9,B100,B11,B120,B123,B128,B130,B131,B133,B136,B2,B21,B23,B26,B29,B32,B35,B4,B46,B48,B50,B53,B60,B67,B68,B7,B70,B72,B73,B75,B77,B82,B88,B95,B99,C21,C22,C24,C34,C35,C40,C44,C47,C5,C57,C60,C61,C64,C67,C7,C83,D3,D9
Chr2:75609082 TTC T 2bp_deletion frameshift_variant 40 A23,A24,A25,A7,A8,B105,B108,B111,B113,B117,B129,B13,B130,B136,B137,B34,B37,B42,B43,B58,B59,B60,B63,B95,C11,C23,C26,C28,C29,C36,C4,C40,C58,C6,C64,C66,C69,C73,C75,C77
Chr2:75609086 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 40 A23,A24,A25,A7,A8,B105,B108,B111,B113,B117,B129,B13,B130,B136,B137,B34,B37,B42,B43,B58,B59,B60,B63,B95,C11,C23,C26,C28,C29,C36,C4,C40,C58,C6,C64,C66,C69,C73,C75,C77
Chr2:75609088 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 47 A10,A13,A20,A22,A8,B103,B104,B117,B118,B12,B122,B123,B124,B137,B14,B19,B3,B31,B33,B44,B51,B52,B55,B57,B6,B61,B70,B78,B79,B81,B87,B90,B92,C12,C16,C23,C29,C33,C37,C38,C41,C48,C53,C56,C62,C82,D10
Chr2:75609108 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr2:75609155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C34
Chr2:75609158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,C34

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936939.1
CAAAATGCGTTGACTAACAGTTATGGAGAAACAGAAACTTCTGCAGAGTTGATTGATTGAGACTGGAAAATGAAGGCGAGGATAATGTGAGGGACTTTTAATTTCATCGGAAATTCAGCTATTGCAGGTGATGGATGGGGGCAAAGTAGTTTCAGGAAAGGTATGTCTTGCTTGCCGTTCAATTTCCAAGAGTGGTGGTGACGTCAATTTCAATGGCTACCATATCTTTCTCCTAAACTTATCTCAATTACTCGTTGAAG...
XM_057936938.1
CAAAATGCGTTGACTAACAGTTATGGAGAAACAGAAACTTCTGCAGAGTTGATTGATTGAGACTGGAAAATGAAGGCGAGGATAATGTGAGGGACTTTTAATTTCATCGGAAATTCAGCTATTGCAGAAGCGGAGCATCTTCTCCTCTATATCGTTAGCCCTAATTTGTTGTTGAAGGTGATGGATGGGGGCAAAGTAGTTTCAGGAAAGGTATGTCTTGCTTGCCGTTCAATTTCCAAGAGTGGTGGTGACGTCAATTT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131009538
ATGCCTCGCTATTTCCTGCACGAATCTGGATATGTTGAAGCTGGTAAAAGGGGAACAGAGATCCCTAGAGATGCATTTGCCAGTCGTCAAATACTATTTCATGAATTTCAGATCTTGAAATATACATTTGTCCATACAGAGTCATCATCTTTATTCTCTGCATCATTATCTCTGCTGGTGGAGCTTACCTGTGGTCTGATGCTGACGCTTGATCTCGACACTCCCTCAAAGGCCTGGAAGCTAGTGTACGATGGTATGAG...
LOC131009538
ATGCCTCGCTATTTCCTGCACGAATCTGGATATGTTGAAGCTGGTAAAAGGGGAACAGAGATCCCTAGAGATGCATTTGCCAGTCGTCAAATACTATTTCATGAATTTCAGATCTTGAAATATACATTTGTCCATACAGAGTCATCATCTTTATTCTCTGCATCATTATCTCTGCTGGTGGAGCTTACCTGTGGTCTGATGCTGACGCTTGATCTCGACACTCCCTCAAAGGCCTGGAAGCTAGTGTACGATGGTATGAG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057792919.1
MPRYFLHESGYVEAGKRGTEIPRDAFASRQILFHEFQILKYTFVHTESSSLFSASLSLLVELTCGLMLTLDLDTPSKAWKLVYDGMRVALKPPRTQGNFFIIADHYHEMWCLSDIGKQSKLASAEKSPLSSCFPLSSFGEEDPVKSLVGSSLTPLPSLENDDDDKQKQKKKQYFCIVQGAVSRNSKLPRVVMDVVDAQAAPPQSVASCRFGVPTHKCKRFLPYCIFPYHPYP
XP_057792921.1
MPRYFLHESGYVEAGKRGTEIPRDAFASRQILFHEFQILKYTFVHTESSSLFSASLSLLVELTCGLMLTLDLDTPSKAWKLVYDGMRVALKPPRTQGNFFIIADHYHEMWCLSDIGKQSKLASAEKSPLSSCFPLSSFGEEDPVKSLVGSSLTPLPSLENDDDDKQKQKKKQYFCIVQGAVSRNSKLPRVVMDVVDAQAAPPQSVASCRFGVPTHKCKRFLPYCIFPYHPYP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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