Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005575`

染色体: Chr02 坐标: 75617522-75618245 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005575`
名称	SmilChr02G005575
描述	F-box protein SNE-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	75617522 - 75618245 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009539`
GeneID	`131009539`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009539`
原始查询	`SmilChr02G005575`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box protein SNE-like
产物	F-box protein SNE-like
Arabidopsis	`AT5G48170` (SLY2) F-box family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834869] identity=50.6; qcov=1.03; evalue=2.03e-50; confidence=medium
Rice	`Os03g0196500` (OsFbox131) - identity=50.6; qcov=0.93; evalue=3.36e-31; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0009740 (gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0009937 (regulation of gibberellic acid mediated signaling pathway); GO:0019005 (SCF ubiquitin ligase complex)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009539

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792923.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057792923.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057792923.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792923.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792923.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:75617680`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A20,B16,B7,C18
`Chr2:75617795`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B129,B94,C51,C61,D9
`Chr2:75617821`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B37,B38,B39
`Chr2:75617870`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B129,B94,C61,D9
`Chr2:75618032`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792923.1

172 aa

172

F-box

F-box-like

PF00646 F-box 28-63 aa PF12937 F-box-like 28-68 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792923.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	28	63	4.7e-08	33.3	F-box domain
`XP_057792923.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	28	68	9.8e-11	42.0	F-box-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936940.1
ACCGCTCTCAAATTTCTTCCCCAAATTAATACTATCAACCACACACACACTCTCTCACACACATTAATGGCGCGAGTGCGTGAAATCGGCGGTGAGGATGAGAGAGAAGACAAGAAAGGGAGGCAATTCTGCATCAACGACAACATGGACGTGCTGATCGAGATCCTGAAGCGCCTCGACGACAAATCGCTCGGCGTCGCCGCCTGCGTCTGCCGCCTCTGGTGTGCCCTAACCCGCAACGACGCGCTGTGGGAGCACCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009539
ATGGCGCGAGTGCGTGAAATCGGCGGTGAGGATGAGAGAGAAGACAAGAAAGGGAGGCAATTCTGCATCAACGACAACATGGACGTGCTGATCGAGATCCTGAAGCGCCTCGACGACAAATCGCTCGGCGTCGCCGCCTGCGTCTGCCGCCTCTGGTGTGCCCTAACCCGCAACGACGCGCTGTGGGAGCACCTCTGCTTCCGCCAGCTCTCCCCGCCGCCCGAGGGCGTCAGGACGGTCGTCGTCGCGCTCGGCGGATA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792923.1
MARVREIGGEDEREDKKGRQFCINDNMDVLIEILKRLDDKSLGVAACVCRLWCALTRNDALWEHLCFRQLSPPPEGVRTVVVALGGYRRLYTVCVKPVLSRLGKMTPAAGEIERRLWTRHEVELSLSLFCVDYYERLFLCGGGGGGRLGGDAAAAAAPPPSSLMFLCKAVNV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器