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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005576

染色体: Chr02 坐标: 75619761-75623495 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005576
名称SmilChr02G005576
描述uncharacterized SmilChr02G005576
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75619761 - 75623495 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009540
GeneID131009540
locus_tag-
NCBI NameLOC131009540
原始查询SmilChr02G005576

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815071]; symbol=AT2G05230; hit=AT2G05230; species=arabidopsis; confidence=high
产物DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815071]; symbol=AT2G05230; hit=AT2G05230; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G05230 (AT2G05230)
DNAJ heat shock N-terminal domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815071]
identity=47.9; qcov=0.979; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0510000 (OsDjC18)
-
identity=38.5; qcov=1.02; evalue=2.97e-156; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00226 (DnaJ); PF11926 (DUF3444); PF23551 (Zn_ribbon_20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057792924.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057792924.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057792924.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057792924.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057792924.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75620991 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A20,B16,B7,C18
Chr2:75621138 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B74,C70
Chr2:75621312 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B134
Chr2:75621594 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B89,C39
Chr2:75621623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C60,C67
Chr2:75621644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B51,B52
Chr2:75621897 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:75621921 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C46
Chr2:75622695 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B91,C74,C9
Chr2:75622811 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr2:75622944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B134
Chr2:75623035 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792924.1
727 aa
N
1
364
727
DnaJ
Zn_ribbon_20
DUF3444
C
PF00226 DnaJ 66-127 aa PF23551 Zn_ribbon_20 151-185 aa PF11926 DUF3444 436-640 aa
XP_057792925.1
727 aa
N
1
364
727
DnaJ
Zn_ribbon_20
DUF3444
C
PF00226 DnaJ 66-127 aa PF23551 Zn_ribbon_20 151-185 aa PF11926 DUF3444 436-640 aa
XP_057792926.1
727 aa
N
1
364
727
DnaJ
Zn_ribbon_20
DUF3444
C
PF00226 DnaJ 66-127 aa PF23551 Zn_ribbon_20 151-185 aa PF11926 DUF3444 436-640 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792924.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 66 127 4e-19 69.2 DnaJ domain
XP_057792924.1 Pfam PF23551 Zn_ribbon_20 Domain 151 185 3.1e-13 50.2 Zinc beta-ribbon domain
XP_057792924.1 Pfam PF11926 DUF3444 Family 436 640 1.4e-76 257.5 Domain of unknown function (DUF3444)
XP_057792925.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 66 127 4e-19 69.2 DnaJ domain
XP_057792925.1 Pfam PF23551 Zn_ribbon_20 Domain 151 185 3.1e-13 50.2 Zinc beta-ribbon domain
XP_057792925.1 Pfam PF11926 DUF3444 Family 436 640 1.4e-76 257.5 Domain of unknown function (DUF3444)
XP_057792926.1 Pfam PF00226 DnaJ Domain 66 127 4e-19 69.2 DnaJ domain
XP_057792926.1 Pfam PF23551 Zn_ribbon_20 Domain 151 185 3.1e-13 50.2 Zinc beta-ribbon domain
XP_057792926.1 Pfam PF11926 DUF3444 Family 436 640 1.4e-76 257.5 Domain of unknown function (DUF3444)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936942.1
GGTGCGCATAACGCATAGGGCGCACCATTGGATGCTTCCCAACTTAAATACTAATAACTGTTACTTTCAGACAACTATAATAATTATAATAATTATCAAAATTACAATATTAAATAACCATATTATATATTTTTGGTTCCATTTTTATTTTATTCAGTTTTATATTCAATCATTTTATTTATATATACATATTAACATAATTTTTTAACTGCTGCGTATAGTTGTAGTTCTACTTCTAGTTTAAATAATCTCTCCACAGT...
XM_057936941.1
AATTATAATAATTATCAAAATTACAATATTAAATAACCATATTATATATTTTTGGTTCCATTTTTATTTTATTCAGTTTTATATTCAATCATTTTATTTATATATACATATTAACATAATTTTTTAACTGCTGCGTATAGTTGTAGTTCTACTTCTAGTTTAAATAATCTCTCCACAGTATAATTATTTTTTATTTTTATTTTTATTTTTGGTGCTCCGATTTTTGGAGGAATCTCTGCCGTCGGCTGCCGGAATATTCT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131009540
ATGGGATCCAACGTGGAGGAAGCCATTAGAGCTAAAACATTTGCTGAGAAGCAATTTTTGGAGAAAAACTTTGTCGGAGCGCAGAAGTATGCTTTGAGAGCTCAGACGCTGTGTAAGGAACTGGATGGAATATCTCAGATGGTGGCCACATTTGGAGTCTACATGGCTTCTGAGACGACGGCTAATGGAGAACTGGATTTCTATTCAATTCTTGGAGTGGACCCATCTGTGGAGAAATCCAAATTGAAGAAGCAGTATAA...
LOC131009540
ATGGGATCCAACGTGGAGGAAGCCATTAGAGCTAAAACATTTGCTGAGAAGCAATTTTTGGAGAAAAACTTTGTCGGAGCGCAGAAGTATGCTTTGAGAGCTCAGACGCTGTGTAAGGAACTGGATGGAATATCTCAGATGGTGGCCACATTTGGAGTCTACATGGCTTCTGAGACGACGGCTAATGGAGAACTGGATTTCTATTCAATTCTTGGAGTGGACCCATCTGTGGAGAAATCCAAATTGAAGAAGCAGTATAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057792924.1
MGSNVEEAIRAKTFAEKQFLEKNFVGAQKYALRAQTLCKELDGISQMVATFGVYMASETTANGELDFYSILGVDPSVEKSKLKKQYKKMAVMLHPDKNKTVGADGAFRLVSEAWTLLSDSAKRSAYDQRRSLFAGYSDPSKFSAHGRLDTFWTVCTSCHVQYEYLRKYVNKRLSCKNCRGVFVAVETGLAPPNGTFQYNYSYVPENGYGHGSHGRGVAYTHTTTGYGAPNVVSGHHAGYRSEYASNISFQGSSSGNSVGL...
XP_057792925.1
MGSNVEEAIRAKTFAEKQFLEKNFVGAQKYALRAQTLCKELDGISQMVATFGVYMASETTANGELDFYSILGVDPSVEKSKLKKQYKKMAVMLHPDKNKTVGADGAFRLVSEAWTLLSDSAKRSAYDQRRSLFAGYSDPSKFSAHGRLDTFWTVCTSCHVQYEYLRKYVNKRLSCKNCRGVFVAVETGLAPPNGTFQYNYSYVPENGYGHGSHGRGVAYTHTTTGYGAPNVVSGHHAGYRSEYASNISFQGSSSGNSVGL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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