当前解析结果
SmilChr02G005577| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005577 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005577 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr02G005577 |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 75624153 - 75625917 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131009542 |
|---|---|
| GeneID | 131009542 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009542 |
| 原始查询 | SmilChr02G005577 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815037]; symbol=AT2G04900; hit=AT2G04900; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815037]; symbol=AT2G04900; hit=AT2G04900; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G04900 (AT2G04900)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815037] identity=76.6; qcov=1; evalue=2.86e-61; confidence=high |
| Rice | Os03g0751000 (OSJNBa0047E24.19)- identity=77.3; qcov=0.991; evalue=1.65e-60; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04241 (DUF423) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009542 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Mitochondrion | 线粒体 | 1.00000 | XP_057792929.1 |
| 2 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 1.00000 | XP_057792929.1 |
| 3 | Mitochondrion inner membrane | 线粒体内膜 | 0.80000 | XP_057792929.1 |
| 4 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.20000 | XP_057792929.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792929.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:75624462 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr2:75624606 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A18,B140,B2,B4,B78,C31,C47,C81,C9 |
Chr2:75624778 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,B61 |
Chr2:75625704 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B58,B80,C87 |
Chr2:75625726 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C37 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792929.1PF04241
DUF423 20-99 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792929.1 |
Pfam | PF04241 |
DUF423 | Family | 20 | 99 | 7e-23 | 81.4 | Protein of unknown function (DUF423) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。