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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr02G005587

染色体: Chr02 坐标: 75668157-75672382 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr02G005587
名称SmilChr02G005587
描述vacuolar protein-sorting-associated protein 11 homolog
染色体 / SeqIDChr02 / NC_080388.1
坐标与链方向75668157 - 75672382 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131009552
GeneID131009552
locus_tag-
NCBI NameLOC131009552
原始查询SmilChr02G005587

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述vacuolar protein-sorting-associated protein 11 homolog
产物vacuolar protein-sorting-associated protein 11 homolog
ArabidopsisAT2G05170 (VPS11)
vacuolar protein sorting 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815065]
identity=75.9; qcov=0.984; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0382700
-
identity=70.6; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding); GO:0005768 (endosome); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006904 (GO:0006904); GO:0007032 (endosome organization); GO:0007033 (vacuole organization); GO:0016192 (vesicle-mediated transport); GO:0030674 (protein-macromolecule adaptor activity); GO:0030897 (HOPS complex); GO:0048284 (organelle fusion)
KEGGsmil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04148 (Efferocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00637 (Clathrin); PF12451 (VPS11_C); PF17122 (zf-C3H2C3); PF23266 (VPS11_N); PF23341 (PEP5_VPS11_N); PF23356 (TPR_PEP5_VPS11)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131009552

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057792942.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 1.00000 XP_057792942.1
3 Vesicle 囊泡 1.00000 XP_057792942.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.60000 XP_057792942.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057792942.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr2:75668742 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr2:75668791 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr2:75668863 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B1,D6
Chr2:75668911 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A7,B31,B40,C73
Chr2:75668999 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr2:75669601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr2:75669877 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B46,B59,B76
Chr2:75670258 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,C73
Chr2:75670342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr2:75670378 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:75670441 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr2:75670642 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792942.1
958 aa
N
1
479
958
PEP5_VPS11_N
VPS11_N
TPR_PEP5_VPS11
Clathrin
TPR_PEP5_VPS11
zf-C3H2C3
VPS11_C
C
PF23341 PEP5_VPS11_N 4-328 aa PF23266 VPS11_N 22-328 aa PF23356 TPR_PEP5_VPS11 378-618 aa PF00637 Clathrin 398-538 aa PF23356 TPR_PEP5_VPS11 686-790 aa PF17122 zf-C3H2C3 854-889 aa PF12451 VPS11_C 894-936 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057792942.1 Pfam PF23341 PEP5_VPS11_N Repeat 4 328 4.2e-89 299.7 PEP5/VPS11 N-terminal
XP_057792942.1 Pfam PF23266 VPS11_N Repeat 22 328 1.2e-112 376.8 VPS11-like, N-terminal beta-propeller
XP_057792942.1 Pfam PF23356 TPR_PEP5_VPS11 Repeat 378 618 6.2e-83 279.7 PEP5/VPS11 Clathrin repeat
XP_057792942.1 Pfam PF00637 Clathrin Repeat 398 538 8.8e-13 48.9 Region in Clathrin and VPS
XP_057792942.1 Pfam PF23356 TPR_PEP5_VPS11 Repeat 686 790 6.2e-83 279.7 PEP5/VPS11 Clathrin repeat
XP_057792942.1 Pfam PF17122 zf-C3H2C3 Domain 854 889 1e-06 29.4 Zinc-finger
XP_057792942.1 Pfam PF12451 VPS11_C Family 894 936 3.9e-14 53.3 Vacuolar protein sorting protein 11 C terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057936959.1
CTTAATTTTCTGCAAGTCTTTTCCTACATTCGAACTCGAAACCTTTTTCTCATGTCTTAAATTTTGGATTTGAAGGGCTTTTGATCGCGAATCCAATCACCCGTCGATCAGAAGCAGAATTGAGGGACGAAATTGTCATATCTCCGGCGTTTCGCCGCCGTCCGTCCCCGCTTTCACTCTCCTTCCGCCGCCGGCCACGAATAGATCCACGCAGTATGTGTGATTGGTGAAACTGCTCTAGAATTTTTGGGAATACACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131009552
ATGTATCAGTGGCGGAAATTCGAGTTCTTCGAGGAGAAGAAGACCAAAATCCCGGAGGAAATTGAGGGCGAAATCGGATGTTGCTCCAGCGGCAGAGGCAGGATCGTCTTGGGCTGCCGCGACGGCACCGTTTCGCTCCTTGATCGCGGCCTCCAGCTTAATTACACCTTCCCCGCTCACTCCGCCTCCGTTCTCTTCCTCCAGCAGCTCAAGCAACGGAACTTCTTAGTGACAGTTGGAGAGGATGAACAAATGCCGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057792942.1
MYQWRKFEFFEEKKTKIPEEIEGEIGCCSSGRGRIVLGCRDGTVSLLDRGLQLNYTFPAHSASVLFLQQLKQRNFLVTVGEDEQMPQQKATVCLKVFDLDKRQEEGSSTSTPECIQILRIFTNQFAEAKITSFLVYEEAPPIIFIALGLENGCIYCIQGDIARERIKRFKLEVHNGQPGKMHSPITGIGFRVDGQAFQLFAVTPSSVSLFKVEAQTPTAQTLDYIGSETGSVAMTDRSELIIGRPEAVYFYEVDGRGPCW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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