Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005588`

染色体: Chr02 坐标: 75673631-75675457 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005588`
名称	SmilChr02G005588
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 18
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	75673631 - 75675457 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009553`
GeneID	`131009553`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009553`
原始查询	`SmilChr02G005588`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc finger CCCH domain-containing protein 18
产物	zinc finger CCCH domain-containing protein 18
Arabidopsis	`AT2G05160` (AT2G05160) CCCH-type zinc fingerfamily protein with RNA-binding domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815064] identity=44.1; qcov=0.911; evalue=1.59e-58; confidence=medium
Rice	`Os08g0126700` (OsC3H54) - identity=44.7; qcov=0.95; evalue=3.89e-57; confidence=medium
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0046872 (metal ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00076 (RRM_1); PF00642 (zf-CCCH)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009553

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057792943.1`
2	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057792943.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057792943.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057792943.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057792943.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:75674104`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B34
`Chr2:75674104`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B34
`Chr2:75674185`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B87,B88,B9,C5
`Chr2:75674199`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A20
`Chr2:75674303`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:75674383`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr2:75674843`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B138,B15,D11
`Chr2:75675015`	`A`	`AGG`	2bp_insertion	frameshift_variant	68	A1,A11,A15,A16,A19,A20,A25,A3,A6,A9,B10,B106,B107,B109,B114,B119,B128,B134,B135,B138,B19,B25,B26,B29,B3,B34,B38,B39,B48,B60,B71,B8,B84,B85,B94,B98,C1,C10,C18,C20,C21,C22,C24,C27,C28,C29,C3,C32,C42,C45,C46,C47,C50,C53,C58,C62,C68,C7,C70,C72,C73,C8,C80,C85,C86,C87,D4,D7
`Chr2:75675017`	`GCA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	68	A1,A11,A15,A16,A19,A20,A25,A3,A6,A9,B10,B106,B107,B109,B114,B119,B128,B134,B135,B138,B19,B25,B26,B29,B3,B34,B38,B39,B48,B60,B71,B8,B84,B85,B94,B98,C1,C10,C18,C20,C21,C22,C24,C27,C28,C29,C3,C32,C42,C45,C46,C47,C50,C53,C58,C62,C68,C7,C70,C72,C73,C8,C80,C85,C86,C87,D4,D7
`Chr2:75675035`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	6	A25,B108,B125,B126,B85,C28
`Chr2:75675045`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B1,B108,B111,B131,B24,B48,C23,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792943.1

259 aa

130

259

zf-CCCH

RRM_1

PF00642 zf-CCCH 9-30 aa PF00076 RRM_1 160-206 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792943.1`	Pfam	`PF00642`	zf-CCCH	Family	9	30	1.9e-06	28.3	Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type (and similar)
`XP_057792943.1`	Pfam	`PF00076`	RRM_1	Domain	160	206	3.9e-06	27.3	RNA recognition motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936960.1
GTCTCAACTTTACACATATGCAATCTGCATTCTTGATTCTTGGTAAATTTATGCAACTTTTTGATCTGATTTCTTGAATTTCAGTTGTGTTTCTGACCAAAGATCTCATCTTTATGCAAAAACTGCTTGAGTTCTTGATACCTCAGCTGTCAAATATCTCATCTTTTATGCAAACTGCATTGTTAGATTGAGCCTTGTAGATGGACTTTTTCGAGTCTACGAAGGTTGTCTTCGAGAGAATCGAGCAGCTAGAACCCGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009553
ATGCTCGATTTTAGGCCCACCGTGCAGGTGTGCAACAGCTTTAGGCAGGGGTACTGCAAGTATGGTGGGAGCTGCAGATTCTTGCATGTTTTCCAAATGCAGAATGGTGATTGTATGGTGCTGAACCCTCCAGCCACGTCGTCGTGTGGATCCCTCAAGCAGCTCGAGATGGAGCTCATCGAGCTGCTAAGATCCACACGGGGCATCCCCGTGTCTCTGTCTTCCCTGCCTATCCTCTACTTTGATAGGTTCGGGAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792943.1
MLDFRPTVQVCNSFRQGYCKYGGSCRFLHVFQMQNGDCMVLNPPATSSCGSLKQLEMELIELLRSTRGIPVSLSSLPILYFDRFGKVLQETENHGHGRLSSRMIKLLARMTPNTIRLTNRPHRRQSIILDEDMDRYARFRVENGRQLQVYLTFPPESIFSEQDVHNYFNNFGAVQDVRIPSQVHRMFGFVSFAYPETAALVLTITNPHNICGSQVLVKPYQFKPMLLHRDHEEEVHDQEDAESPSKIFLTFLFHVFKNY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器