当前解析结果
SmilChr02G005598| 统一新 Gene ID | SmilChr02G005598 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr02G005598 |
| 描述 | cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At5g47530-like |
| 染色体 / SeqID | Chr02 / NC_080388.1 |
| 坐标与链方向 | 75708951 - 75709645 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131009562 |
|---|---|
| GeneID | 131009562 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131009562 |
| 原始查询 | SmilChr02G005598 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At5g47530-like |
| 产物 | cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At5g47530-like |
| Arabidopsis | AT5G47530 (AT5G47530)Auxin-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834803] identity=49.1; qcov=0.893; evalue=4.28e-48; confidence=medium |
| Rice | Os08g0335600- identity=48.7; qcov=1.03; evalue=3.09e-51; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04526 (DUF568) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131009562 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.40000 | XP_057792958.1 |
| 2 | Cell membrane | 细胞膜 | 0.40000 | XP_057792958.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.20000 | XP_057792958.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057792958.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057792958.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr2:75709168 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B101,B68,C11,C69 |
Chr2:75709354 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C10,C3,C72 |
Chr2:75709529 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B83,C59,C78 |
Chr2:75709622 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B7 |
Chr2:75709633 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057792958.1PF04526
DUF568 84-183 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057792958.1 |
Pfam | PF04526 |
DUF568 | Family | 84 | 183 | 7.9e-28 | 97.9 | Protein of unknown function (DUF568) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。