Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr02G005599`

染色体: Chr02 坐标: 75711128-75714339 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr02G005599`
名称	SmilChr02G005599
描述	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At5g35735-like
染色体 / SeqID	Chr02 / NC_080388.1
坐标与链方向	75711128 - 75714339 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131009564`
GeneID	`131009564`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131009564`
原始查询	`SmilChr02G005599`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At5g35735-like
产物	cytochrome b561 and DOMON domain-containing protein At5g35735-like
Arabidopsis	`AT5G47530` (AT5G47530) Auxin-responsive family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834803] identity=55.2; qcov=0.652; evalue=2.08e-151; confidence=high
Rice	`Os03g0194900` - identity=50.7; qcov=0.638; evalue=7.37e-117; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF03188 (Cytochrom_B561); PF04526 (DUF568)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131009564

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057792960.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057792960.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057792960.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057792960.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057792960.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr2:75711349`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:75711448`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr2:75711565`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr2:75711829`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr2:75712520`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr2:75712522`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B36,D10
`Chr2:75712547`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B1
`Chr2:75712571`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	26	A7,B1,B12,B131,B136,B137,B27,B47,B51,B52,B78,B81,B84,C12,C25,C31,C33,C54,C59,C6,C71,C72,C78,C79,C81,C87
`Chr2:75712658`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C26
`Chr2:75712699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B35
`Chr2:75712859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B84
`Chr2:75713512`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057792960.1

572 aa

286

572

DUF568

Cytochrom_B561

PF04526 DUF568 92-191 aa PF04526 DUF568 268-368 aa PF03188 Cytochrom_B561 389-514 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057792960.1`	Pfam	`PF04526`	DUF568	Family	92	191	3.8e-49	166.3	Protein of unknown function (DUF568)
`XP_057792960.1`	Pfam	`PF04526`	DUF568	Family	268	368	3.8e-49	166.3	Protein of unknown function (DUF568)
`XP_057792960.1`	Pfam	`PF03188`	Cytochrom_B561	Family	389	514	7.5e-09	36.7	Eukaryotic cytochrome b561

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057936977.1
GACTATCCCCAAGTCTTCACCTACACCTTTTACTTTTCTCCCATTCAGATTCTTCCTTTGCATCTCAAACTTTCTATAAAATTCCCAATCACCCAAACATACTAATAAATCACAGAGATACAGAGATAGAGAGAGAAACTTGATTATCAATTATCAACTATCAACTATCAATTATATCATCACCATAATTCCAAAATGGGCAGTTTTCCACCAAAAACTGCCCTCTTCTCCGCTGTCTTCATCGTCTTCATCAATTCCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131009564
ATGGGCAGTTTTCCACCAAAAACTGCCCTCTTCTCCGCTGTCTTCATCGTCTTCATCAATTCCTTCTTCTTCTGCTCCAACGCTCAAACCTGCTCCACCTTCGCATTCTCCAATGGCCGAAGCTACGCCAACTGCAACGCTCTCCCCGTCTTGGACTCCTTCATACACTGGAACTACCACCAAGCCAACCACACCGCCGACATCGCCTACCGGCACACGCAGATCACCTCCACCAACTGGGTGGCGTGGGCCCTCAACCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057792960.1
MGSFPPKTALFSAVFIVFINSFFFCSNAQTCSTFAFSNGRSYANCNALPVLDSFIHWNYHQANHTADIAYRHTQITSTNWVAWALNLNGSAMLGAQALVAFVAENGTVQAYTSPITSYETTLQRGTLSFAVPALTAEFVGDNQIIIYATINLPRGRTNFSHVWQHGDVSGNNLGRHPLTNDHRRSLGTIDFANEAATTTPAPAPENCPASSFSNGRTFSDCNALPVLGAFLHWNYRESNNAVDIAYRHGGVSRSSWVAWA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器