Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000003`

染色体: Chr03 坐标: 46777-47938 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000003`
名称	SmilChr03G000003
描述	importin subunit alpha-1a-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	46777 - 47938 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131015720`
GeneID	`131015720`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131015720`
原始查询	`SmilChr03G000003`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	importin subunit alpha-1a-like
产物	importin subunit alpha-1a-like
Arabidopsis	`AT3G06720` (IMPA-1) importin alpha isoform 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819857] identity=44.2; qcov=0.995; evalue=2.24e-40; confidence=medium
Rice	`Os01g0253300` (rImpa1a) - identity=45; qcov=0.99; evalue=1.48e-41; confidence=medium
GO	GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006607 (NLS-bearing protein import into nucleus); GO:0008139 (nuclear localization sequence binding); GO:0061608 (nuclear import signal receptor activity)
KEGG	-
Pfam	PF00514 (Arm)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131015720

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057800124.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057800124.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057800124.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057800124.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057800124.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:47266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A8
`Chr3:47719`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B11,C64
`Chr3:47719`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B11,C64
`Chr3:47738`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr3:47784`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C41,D4
`Chr3:47837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A15,B129,B8,C61,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057800124.1

191 aa

191

Arm

PF00514 Arm 82-122 aa PF00514 Arm 123-162 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057800124.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	82	122	8.9e-21	73.9	Armadillo/beta-catenin-like repeat
`XP_057800124.1`	Pfam	`PF00514`	Arm	Repeat	123	162	8.9e-21	73.9	Armadillo/beta-catenin-like repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057944141.1
GCCTCTTTAGAATGTAGAGTATAAAAGTAGAAAACCATTTTTCGTATTTCTCCCAACAAAAACTCCCCCCTCCTACTTCTCTCTTGTCTGAGCAATGGCACCACTACGACGGAGCAAAAGGCTGAAGGCGAAGGCGACGTCGACGTCGGAGGTTGATCGTTTCTACACTCGCGAGAAGAAGCCCCGTGACCGTGAACCCCCCTCACGATTGCCTTCTGCTGCTGATAGGGATTTAGATTTACAATTAGTGATGTCTGGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131015720
ATGGCACCACTACGACGGAGCAAAAGGCTGAAGGCGAAGGCGACGTCGACGTCGGAGGTTGATCGTTTCTACACTCGCGAGAAGAAGCCCCGTGACCGTGAACCCCCCTCACGATTGCCTTCTGCTGCTGATAGGGATTTAGATTTACAATTAGTGATGTCTGGTATCCTTTCTGATGATAGCAAGTTGCAGCTTGATTCTACTACGCAATTGCTAAATTTAGTTTCTGTTGAAGACAACCCTAACCCTATGATTGATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057800124.1
MAPLRRSKRLKAKATSTSEVDRFYTREKKPRDREPPSRLPSAADRDLDLQLVMSGILSDDSKLQLDSTTQLLNLVSVEDNPNPMIDQVVQLGAVPRFVEFLKRDDYPQLQFKAILVLKNIAAANTQVVINSGAVPVFVKLLESSSHDLQTCEQVAWSLGNIAGESFSCCDVVLNCGALRPLLVKTCYYHNA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器