Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000009`

染色体: Chr03 坐标: 99108-101875 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000009`
名称	SmilChr03G000009
描述	auxin efflux carrier component 5-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	99108 - 101875 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016916`
GeneID	`131016916`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016916`
原始查询	`SmilChr03G000009`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	auxin efflux carrier component 5-like
产物	auxin efflux carrier component 5-like
Arabidopsis	`AT5G16530` (PIN5) Auxin efflux carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831515] identity=51.9; qcov=0.947; evalue=7.13e-136; confidence=high
Rice	`Os01g0919800` (OsPIN5a) - identity=49.2; qcov=0.953; evalue=1.38e-125; confidence=high
GO	GO:0005783 (endoplasmic reticulum); GO:0005886 (plasma membrane); GO:0009926 (auxin polar transport); GO:0010315 (auxin export across the plasma membrane); GO:0010329 (auxin efflux transmembrane transporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF03547 (Mem_trans)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016916

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057801702.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057801702.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057801702.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801702.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801702.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:99466`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B120
`Chr3:99466`	`A`	`ATG`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B120
`Chr3:99546`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B54,C31,C65
`Chr3:99561`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,B46
`Chr3:99736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B54,C31,C65
`Chr3:99754`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B78,C21,D6
`Chr3:99781`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr3:99821`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr3:99855`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr3:99930`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A2,B12,B55
`Chr3:100048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr3:101311`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B102,B123,C16,C3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801702.1

380 aa

190

380

Mem_trans

PF03547 Mem_trans 29-372 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801702.1`	Pfam	`PF03547`	Mem_trans	Family	29	372	3.6e-69	233.7	Membrane transport protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945719.1
AGTTTTTCAAGTCACCACTAGTATGTATACTTTATAATATAAATTAAAGCTATTTGATATTACTAAATATTTCTCTCTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTGAATCCAGAGATTTGAGTGGTAGAGAAAGACTCAAGTATGTGATAGTGGAAATAAAAGTCATGGCCTAGCAGCAAGATTTAGTGTATATTAATTTGAATATTTGCTTTAACATCTTTTACACACAGAACTCTTCCCAGCTAGGTAATTAAGGAAAACAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016916
ATGTGTAGTTTAATTTGCCGCAAACAAGAGAGAGAGAGGGAGAGGGAGAGGATGCAGGTGATAGGTTGGGGAGATGTATACAAAGTAGTGGAGGCGATGGCGCCGCTGTACGCGGCGCTGTTACTGGGTTACGGCTCCGTGAGATGGGGGCGGATGTTCAAGGCCGAAGAATGCGACACCATAAACCGTTTCAACTGCTACTTCATCATCCCTTTCTTCACCTTCCACTTCACGGCCAGCGTGAATCCCTACAGCTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801702.1
MCSLICRKQERERERERMQVIGWGDVYKVVEAMAPLYAALLLGYGSVRWGRMFKAEECDTINRFNCYFIIPFFTFHFTASVNPYSFNLRFLAADVVAKAVAAAALAVWANYLHGSFSWAITSFSLSSFNNTLVVGVPLLKAMYGDVGEHLVVQSSVMQSLLWFPILLSLLEFRRSSQLLSSDNNIHHHKHQHTSATAANGDEHIHMSMPVSSPSSNYCSTIKIVGMKLGKNPNCYACVLGLVWALLANRWDLEMPSIVEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器