当前解析结果
SmilChr03G000019| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000019 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000019 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G000019 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 226229 - 228326 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131015724 |
|---|---|
| GeneID | 131015724 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131015724 |
| 原始查询 | SmilChr03G000019 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | AT2G06105 (AT2G06105)aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693] identity=34.7; qcov=0.125; evalue=3.31e-06; confidence=weak |
| Rice | Os12g0292200- identity=31.2; qcov=0.162; evalue=1.12e-08; confidence=weak |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13650 (Asp_protease_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131015724 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057800127.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057800127.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057800127.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057800127.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057800127.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:226238 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:226244 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:226249 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:226292 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:226310 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B134,C27,C41,C42 |
Chr3:226319 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B134,C27,C41 |
Chr3:226328 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A14,B119,B20 |
Chr3:226337 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:226354 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C11 |
Chr3:226360 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
Chr3:226366 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C48 |
Chr3:226404 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A5 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057800127.1PF13650
Asp_protease_2 446-539 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057800127.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 446 | 539 | 1.9e-05 | 26.0 | Aspartyl protease |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。