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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000023

染色体: Chr03 坐标: 359901-361173 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000023
名称SmilChr03G000023
描述dirigent protein 24-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向359901 - 361173 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016901
GeneID131016901
locus_tag-
NCBI NameLOC131016901
原始查询SmilChr03G000023

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述dirigent protein 24-like
产物dirigent protein 24-like
ArabidopsisAT2G39430 (AT2G39430)
Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818528]
identity=56.4; qcov=0.613; evalue=2.99e-81; confidence=high
RiceOs03g0280750
-
identity=54.6; qcov=0.594; evalue=2.95e-75; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF03018 (Dirigent)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016901

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell wall 细胞壁 0.60000 XP_057801685.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057801685.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057801685.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801685.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801685.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:359964 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B12,B138,D7
Chr3:360014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B123
Chr3:360030 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B11
Chr3:360044 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C4
Chr3:360072 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A13
Chr3:360099 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B139,B35,B59,C59,D10
Chr3:360178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr3:360180 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B35,C59,D10
Chr3:360181 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,C32,C50
Chr3:360182 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr3:360224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B94,C14,C21,D7
Chr3:360242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C14,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801685.1
382 aa
N
1
191
382
Dirigent
C
PF03018 Dirigent 239-380 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801685.1 Pfam PF03018 Dirigent Family 239 380 6.4e-30 104.6 Dirigent-like protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945702.1
ATGGCTAAGCATTTCACTCTCACCTCCTCCTTTTGCTTGTTGCTACTAGCCACCACCCTCACCCTAGCCACCTCAGCAAGAATTCTTGATGAAGAAACACCACCATTCCCCCTCCCCGCCGCCTCCTCCGATCCGATCCCACCGCCGGAGACGGTGGCTCCGGCCACAACCGACCACCCGAGCGGTCAAATCCCGGCCGTCCCCACCACCAATGTTGCCCCGCCCGAGCCCACCCCAATAGAAGAAGAACCCGCCGCCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016901
ATGGCTAAGCATTTCACTCTCACCTCCTCCTTTTGCTTGTTGCTACTAGCCACCACCCTCACCCTAGCCACCTCAGCAAGAATTCTTGATGAAGAAACACCACCATTCCCCCTCCCCGCCGCCTCCTCCGATCCGATCCCACCGCCGGAGACGGTGGCTCCGGCCACAACCGACCACCCGAGCGGTCAAATCCCGGCCGTCCCCACCACCAATGTTGCCCCGCCCGAGCCCACCCCAATAGAAGAAGAACCCGCCGCCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801685.1
MAKHFTLTSSFCLLLLATTLTLATSARILDEETPPFPLPAASSDPIPPPETVAPATTDHPSGQIPAVPTTNVAPPEPTPIEEEPAAVPATNVAPPEPTPIEEEPAAVPATNVAPPEPTPTVEEPAAPAVAAPVVPTTNVAPPETTAAPLGGAAAAAFSFFMHDVLGGSHPSGRAVAGIVANSDANNLPFSKPSNPIFPINGGVPLNTVNGAINSNNYPFLVGLNGAPSSTLVQSNGNNAVAGNNNQQAFVTAGQLPQGLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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