当前解析结果
SmilChr03G000023| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000023 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000023 |
| 描述 | dirigent protein 24-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 359901 - 361173 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131016901 |
|---|---|
| GeneID | 131016901 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016901 |
| 原始查询 | SmilChr03G000023 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 24-like |
| 产物 | dirigent protein 24-like |
| Arabidopsis | AT2G39430 (AT2G39430)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818528] identity=56.4; qcov=0.613; evalue=2.99e-81; confidence=high |
| Rice | Os03g0280750- identity=54.6; qcov=0.594; evalue=2.95e-75; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016901 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.60000 | XP_057801685.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057801685.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801685.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801685.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801685.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:359964 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A23,B12,B138,D7 |
Chr3:360014 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B123 |
Chr3:360030 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B11 |
Chr3:360044 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B52,C4 |
Chr3:360072 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A13 |
Chr3:360099 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B139,B35,B59,C59,D10 |
Chr3:360178 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B130 |
Chr3:360180 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B35,C59,D10 |
Chr3:360181 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B131,C32,C50 |
Chr3:360182 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B130 |
Chr3:360224 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B94,C14,C21,D7 |
Chr3:360242 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C14,D7 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801685.1PF03018
Dirigent 239-380 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801685.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 239 | 380 | 6.4e-30 | 104.6 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。