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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000025

染色体: Chr03 坐标: 368414-368929 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000025
名称SmilChr03G000025
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向368414 - 368929 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131015727
GeneID131015727
locus_tag-
NCBI NameLOC131015727
原始查询SmilChr03G000025

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os08g0125300; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisATMG00810
-
identity=38.2; qcov=1.04; evalue=5.31e-38; confidence=medium
RiceOs08g0125300
-
identity=47.3; qcov=0.988; evalue=1.26e-48; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131015727

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057800129.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057800129.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057800129.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057800129.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057800129.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:368469 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 33 A19,A3,A7,A8,A9,B102,B120,B18,B2,B20,B24,B26,B30,B31,B35,B47,B48,B49,B57,B6,B78,B94,B98,C22,C24,C27,C28,C30,C34,C45,C79,C8,C86
Chr3:368601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A20,B7,D3
Chr3:368624 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B91,C66
Chr3:368631 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B91,C66
Chr3:368632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D2
Chr3:368639 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 3 B1,B91,C66
Chr3:368639 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 3 B1,B91,C66
Chr3:368647 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C36
Chr3:368653 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C36
Chr3:368658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C36
Chr3:368701 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B85,C36
Chr3:368701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B85,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057944146.1
ATGACCGACATTGGACTGATGGCGTACTATCTCGGTGTGGAAGTCAAGCAACTCAAAGATGGAATCTTCATCACACAAGAAGGTTACGCCAAGGAAATTCTCAAGAAGTTCAAGATGGAGGACTGCAAGGCAATCAACACACCAGTGGAGTGTGGGATCAAATTATCCAAGAACGACGGAGGAGAAAAAGTGGATCCGACATTATTCAAGAGCTTGGTTGGAAGCCTACGATACTTAACTTGCACGAGGCCAGACATACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131015727
ATGACCGACATTGGACTGATGGCGTACTATCTCGGTGTGGAAGTCAAGCAACTCAAAGATGGAATCTTCATCACACAAGAAGGTTACGCCAAGGAAATTCTCAAGAAGTTCAAGATGGAGGACTGCAAGGCAATCAACACACCAGTGGAGTGTGGGATCAAATTATCCAAGAACGACGGAGGAGAAAAAGTGGATCCGACATTATTCAAGAGCTTGGTTGGAAGCCTACGATACTTAACTTGCACGAGGCCAGACATACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057800129.1
MTDIGLMAYYLGVEVKQLKDGIFITQEGYAKEILKKFKMEDCKAINTPVECGIKLSKNDGGEKVDPTLFKSLVGSLRYLTCTRPDILYAIGLVSRYMENPTSIHFKAVKRILRYLKGALDYGIFYSNTDDYKLVGYSDNDWAGDNDDRKSTSGSYFLWKTPLSPGCPRSNP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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