当前解析结果
SmilChr03G000031| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000031 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000031 |
| 描述 | seipin-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 379389 - 381678 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016992 |
|---|---|
| GeneID | 131016992 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016992 |
| 原始查询 | SmilChr03G000031 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | seipin-1 |
| 产物 | seipin-1 |
| Arabidopsis | AT5G16460 (AT5G16460)Putative adipose-regulatory protein (Seipin) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831507] identity=46.1; qcov=0.746; evalue=1.55e-77; confidence=high |
| Rice | Os12g0148700- identity=37; qcov=0.92; evalue=7.06e-50; confidence=medium |
| GO | GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0019915 (lipid storage); GO:0034389 (lipid droplet organization) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06775 (Seipin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016992 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057801833.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 1.00000 | XP_057801833.1 |
| 3 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057801833.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801833.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801833.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:379499 |
AC |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 13 | A22,A6,B102,B113,B15,B70,B71,B87,B89,B99,C16,C60,C74 |
Chr3:379592 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C6,C70 |
Chr3:379624 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B137,B25,C41,C84,C85 |
Chr3:379673 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr3:379710 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C27 |
Chr3:379719 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B123,C19,C71,D11 |
Chr3:379720 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A2,B19,C21,C73,D1 |
Chr3:379747 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A7,B10,B53 |
Chr3:379795 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C16,C59 |
Chr3:379840 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr3:379854 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A14,B26 |
Chr3:379904 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B117 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801833.1PF06775
Seipin 45-240 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801833.1 |
Pfam | PF06775 |
Seipin | Family | 45 | 240 | 6.8e-48 | 163.9 | Putative adipose-regulatory protein (Seipin) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。