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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G000036

染色体: Chr03 坐标: 446885-450947 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G000036
名称SmilChr03G000036
描述probable WRKY transcription factor 26
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向446885 - 450947 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131016863
GeneID131016863
locus_tag-
NCBI NameLOC131016863
原始查询SmilChr03G000036

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable WRKY transcription factor 26
产物probable WRKY transcription factor 26
ArabidopsisAT4G26440 (WRKY34)
WRKY DNA-binding protein 34 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828750]
identity=37.3; qcov=0.861; evalue=6.61e-76; confidence=medium
RiceOs05g0343400 (WRKY53)
-
identity=42.5; qcov=0.661; evalue=1.2e-73; confidence=medium
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0043565 (sequence-specific DNA binding)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF03106 (WRKY)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131016863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057801624.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057801624.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057801624.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057801624.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057801624.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:447214 C CTG 2bp_insertion frameshift_variant 63 A10,A15,A3,A7,B108,B112,B114,B119,B121,B124,B14,B140,B2,B26,B27,B3,B32,B33,B34,B35,B38,B39,B40,B41,B42,B43,B48,B53,B56,B64,B78,B8,B80,B86,B89,B91,B93,B96,C11,C12,C13,C15,C16,C18,C23,C24,C36,C39,C40,C42,C52,C53,C54,C55,C59,C69,C74,C82,C83,D11,D2,D4,D6
Chr3:447314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A1,A11,B23,D3
Chr3:447537 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,C74
Chr3:447570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B34,B39,C13,D6
Chr3:448420 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A21,B126,C33,C37
Chr3:448494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr3:448686 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:448718 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A11,B69
Chr3:448727 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B14,C11,C18,C69,C82
Chr3:449090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B73,C87
Chr3:449113 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B29,B30
Chr3:449151 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801624.1
502 aa
N
1
251
502
WRKY
WRKY
C
PF03106 WRKY 164-220 aa PF03106 WRKY 303-359 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057801624.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 164 220 1.4e-51 173.3 WRKY DNA -binding domain
XP_057801624.1 Pfam PF03106 WRKY Domain 303 359 1.4e-51 173.3 WRKY DNA -binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057945641.1
AAGGCTTGTTAGAGAGTGGAGTTGAGTTGTTGAACATAATTTCATAGTGGTTTAGTTTTCTTTCTGTCCAAGGTCAATCATCCACGACATGCAATCACAGTATCAATCCGATCTGTAATTGAAGAACCCTAACTAATTAGGGCTTCAATTTCGTAGATTGATACTGTGTAATCATATTGTATATCAATTCAAGGCATGAAGATTTGTTGATTATGTATTGATCGTTGATTAATTAAGATCCACATCCATGGCTCCGTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131016863
ATGGCTCCGTTCATCAAGGAGGAGGAAGAATTTGATTCCATTAATAGCAATCCAATTTCGATCACCATCGCCGAGAAGAGAGCCGGCGCCAGTATTGCAGAGCGACGCGCCGCCAAGTGTGGTTTCAATGCTTCCAGTGTGAACGCGGCGGCTCTATGTCCGCCGCCGTATTTCACCGTGCCGCCGGGCCTCAGCCCGTCGGCGCTGCTCGATTCTCCGGTCATGCTGCCGAATGCTGAGGCACAAATGTCTCCGACAAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057801624.1
MAPFIKEEEEFDSINSNPISITIAEKRAGASIAERRAAKCGFNASSVNAAALCPPPYFTVPPGLSPSALLDSPVMLPNAEAQMSPTTGTFHPLPMHEGLRQLKITSASNGKKTCSSETNSMSDSNYKEFEHGNKDYVESSEVMMLDDIEKKNAQKEVSKMINSEDGFYWRKYGQKHVKGSEYPRSYYKCTNANCPVTKKVERSHDGHIAEIVYKGTHNHPQPKQMPIDVVDDVSSLSSSTLTAASSSNHDFPDPPDREVP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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