当前解析结果
SmilChr03G000042| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000042 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000042 |
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 33 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 481805 - 485947 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016876 |
|---|---|
| GeneID | 131016876 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016876 |
| 原始查询 | SmilChr03G000042 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | probable protein phosphatase 2C 33 |
| 产物 | probable protein phosphatase 2C 33 |
| Arabidopsis | AT3G02750 (AT3G02750)Protein phosphatase 2C family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820909] identity=66.1; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0500300 (OsPP2C66)- identity=54.9; qcov=0.954; evalue=1.37e-166; confidence=high |
| GO | GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0006470 (protein dephosphorylation) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00481 (PP2C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016876 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057801641.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057801641.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.40000 | XP_057801641.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801641.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801641.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:482167 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B56,B96 |
Chr3:482270 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B112 |
Chr3:482271 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
Chr3:482426 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B54,B86 |
Chr3:482472 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C32,C68,D7 |
Chr3:482531 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B51,B52,B93,C15 |
Chr3:482709 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,B32,C49 |
Chr3:483607 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A11,B32,C49 |
Chr3:483929 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A6,B55,C14,C7 |
Chr3:483951 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A3,B82,C11,C69 |
Chr3:484014 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C72 |
Chr3:484059 |
AAG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 41 | A1,B110,B112,B115,B124,B131,B135,B136,B140,B18,B20,B26,B3,B33,B40,B44,B61,B7,B74,B81,B86,B87,B89,B98,B99,C11,C13,C2,C20,C22,C25,C28,C33,C39,C4,C41,C50,C62,C69,C80,C82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801641.1PF00481
PP2C 169-357 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801641.1 |
Pfam | PF00481 |
PP2C | Family | 169 | 357 | 8.6e-40 | 137.7 | Protein phosphatase 2C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。