当前解析结果
SmilChr03G000046| 统一新 Gene ID | SmilChr03G000046 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G000046 |
| 描述 | dirigent protein 24-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 497834 - 499314 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131016895 |
|---|---|
| GeneID | 131016895 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131016895 |
| 原始查询 | SmilChr03G000046 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | dirigent protein 24-like |
| 产物 | dirigent protein 24-like |
| Arabidopsis | AT2G39430 (AT2G39430)Disease resistance-responsive (dirigent-like protein) family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818528] identity=56.4; qcov=0.588; evalue=4.35e-81; confidence=medium |
| Rice | Os03g0280750- identity=54.6; qcov=0.57; evalue=4.1e-75; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03018 (Dirigent) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131016895 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell wall | 细胞壁 | 0.60000 | XP_057801666.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.40000 | XP_057801666.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057801666.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057801666.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057801666.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:497971 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A23,B12,B138 |
Chr3:498003 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A10 |
Chr3:498224 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A10 |
Chr3:498452 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
Chr3:498458 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A7 |
Chr3:498500 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C63 |
Chr3:498551 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B52,C70,C75 |
Chr3:498552 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,B130,B137,B85,C10 |
Chr3:498557 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D6 |
Chr3:498593 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B62,B94,C63 |
Chr3:498613 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A16,B43,B47 |
Chr3:498634 |
ATG |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 3 | A8,C47,C64 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057801666.1PF03018
Dirigent 255-396 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057801666.1 |
Pfam | PF03018 |
Dirigent | Family | 255 | 396 | 7.2e-30 | 104.4 | Dirigent-like protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。