Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G000069`

染色体: Chr03 坐标: 821775-824790 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G000069`
名称	SmilChr03G000069
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	821775 - 824790 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131016842`
GeneID	`131016842`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131016842`
原始查询	`SmilChr03G000069`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-16
Arabidopsis	`AT1G53350` (AT1G53350) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771] identity=29.3; qcov=0.779; evalue=8.21e-64; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=30.6; qcov=0.925; evalue=2.43e-77; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131016842

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057801596.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057801596.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057801596.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057801596.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057801596.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:821969`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B115,B91,B93,C33
`Chr3:822006`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr3:822011`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B59
`Chr3:822021`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr3:822035`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B38,B55,C7
`Chr3:822078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A21,B108,C23
`Chr3:822078`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B108,C23
`Chr3:822157`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr3:822213`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B42,B56,C38,C48
`Chr3:822220`	`C`	`CAA`	2bp_insertion	frameshift_variant	13	A22,B51,B52,B95,B98,C10,C28,C32,C4,C46,C59,C75,D8
`Chr3:822221`	`T`	`TG`	1bp_insertion	frameshift_variant	13	A22,B51,B52,B95,B98,C10,C28,C32,C4,C46,C59,C75,D8
`Chr3:822344`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057801596.1

788 aa

394

788

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

PF00931 NB-ARC 181-344 aa PF23559 WHD_DRP 429-499 aa PF23598 LRR_14 552-787 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057801596.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	181	344	3.6e-38	131.5	NB-ARC domain
`XP_057801596.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	429	499	3.1e-19	69.5	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057801596.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	552	787	2e-14	53.8	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057945613.1
ATCTTATCTTATCTTTTTAGCAATAATGTGATTCTGAAAGGTAGAAGAAAAGCTGCACTGTGATAATAATTGAGGAGATATAGCCATTTTACACATTGTTTTTGCTGCTGAAGCTAAACTCAGATTCTATCAAATTCTTTCTCAGAAAAATATACACACACTGTTTTTCCTTCAATCATGGCAGCATATGCAGCCTTGGTTTCTGTTATGCATATCATCGATACGATCGAGCATCACCATTCCCCTCCGATTTCTATCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131016842
ATGGCAGCATATGCAGCCTTGGTTTCTGTTATGCATATCATCGATACGATCGAGCATCACCATTCCCCTCCGATTTCTATCGACAAGCAACAAGTTGAATCTCTCACTCGAATTGTTACCTCTTTGCAGGAATTTCTTGAAGGTTATAAGTCCCCTGTTGCTGACGGAGATGAAGCTGATCCGCTGGAGATGCGCATCGCCGATGCATCTTATAAGGCTGAAGATGTTATTGAATCACATATTGTGGATGTGATTAAACT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057801596.1
MAAYAALVSVMHIIDTIEHHHSPPISIDKQQVESLTRIVTSLQEFLEGYKSPVADGDEADPLEMRIADASYKAEDVIESHIVDVIKLGRSSPNEIFLQGYVVDAAHAAEEVNSREEVSFINFYQDLQQVIEEMNVIKKEAMESSAEAQLQRKVSSTHAGSLTSSSNVKESMMVGFDDVELQLLDKLTGGHRNRQIIPITGMGGIGKTTLARHIFEHALVNQHFDIRAWTTISQTYNVRETLREVLHQASGDSRNDLSDEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器